Build your ultimate AI agent
Descrierea cursului
RNA-Seq este o metodă modernă de secvențiere de ultimă generație, utilizată pentru identificarea genelor și a căilor biologice implicate în anumite boli sau condiții. Pe măsură ce secvențierea de mare randament devine mai accesibilă unui număr tot mai mare de cercetători, capacitatea de a analiza aceste date devine o competență din ce în ce mai valoroasă. Alătură-te nouă pentru a explora fluxul de lucru RNA-Seq și pentru a descoperi cum poți identifica genele și procesele biologice relevante pentru condiția de interes! Vom începe cursul cu o prezentare generală a fluxului de lucru RNA-Seq, cu accent pe analiza expresiei diferențiale (DE). Pornind de la numărul de lecturi pentru fiecare genă, cursul acoperă pregătirea datelor pentru analiza DE, evaluarea calității datelor de numărare, identificarea valorilor aberante și detectarea principalelor surse de variație din date. Pachetul R DESeq2 va fi folosit pentru a modela datele de numărare utilizând un model binomial negativ și pentru a testa genele exprimate diferențial. Rezultatele vor fi vizualizate prin hărți de căldură și grafice volcano, iar genele semnificativ exprimate diferențial vor fi identificate și salvate.
Cerințe prealabile
Curriculum
Structura cursului
1
Introducere în teoria și fluxul de lucru RNA-Seq
În acest capitol explorăm ce putem face cu datele RNA-Seq și de ce sunt atât de valoroase. Vom afla care sunt pașii și considerațiile implicate într-un flux de lucru RNA-Seq.
2
Analiza exploratorie a datelor
În acest capitol efectuăm controlul calității datelor de numărare RNA-Seq folosind hărți de căldură și analiza componentelor principale. Explorăm similaritatea dintre eșantioane și determinăm dacă există valori aberante.
3
Analiza expresiei diferențiale cu DESeq2
În acest capitol executăm analiza expresiei diferențiale, generăm rezultate și identificăm genele exprimate diferențial.
4
Explorarea rezultatelor expresiei diferențiale
În acest capitol final explorăm rezultatele expresiei diferențiale prin vizualizări, cum ar fi hărți de căldură și grafice volcano. Trecem în revistă pașii analizei și rezumăm fluxul de lucru al expresiei diferențiale cu DESeq2.
R
RNA-Seq cu Bioconductor în R
Curs
finalizat
