Build your ultimate AI agent
Descrierea cursului
O mare parte din cercetarea biologică, de la medicină la biotehnologie, se îndreaptă tot mai mult spre analiza secvențelor. Generăm în prezent date genomice țintite și la scară genomică întreagă, care trebuie analizate pentru a răspunde la întrebări biologice. Ca punct de plecare, vei fi introdus în proiectul Bioconductor. Bioconductor construiește și oferă infrastructura necesară pentru a partaja instrumente software (pachete), fluxuri de lucru și seturi de date pentru analiza și înțelegerea datelor genomice. Bioconductor este o platformă accesibilă tuturor și reprezintă o resursă software open-source dezvoltată de comunitate. La finalul acestui curs, vei ști să folosești pachete esențiale din Bioconductor și vei înțelege infrastructura sa, precum și câteva seturi de date integrate. Utilizarea pachetelor BSgenome, Biostrings, IRanges, GenomicRanges, TxDB, ShortRead și Rqc cu seturi de date reale din diferite specii va fi o experiență cu adevărat valoroasă!
Cerințe prealabile
Curriculum
Structura cursului
1
Ce este Bioconductor?
În acest capitol, vei lucra direct cu Bioconductor. Bioconductor este depozitul specializat pentru software de bioinformatică, dezvoltat și întreținut de comunitatea R. Vei învăța cum să instalezi și să folosești pachete Bioconductor. Vei face cunoștință cu obiectele și funcțiile S4, deoarece majoritatea pachetelor din Bioconductor moștenesc din S4. În plus, vei folosi un set de date genomice reale ale unui fung pentru a explora pachetul BSgenome.
- Introducere în proiectul Bioconductor50 XP
- Versiunea Bioconductor100 XP
- BiocManager pentru instalarea pachetelor100 XP
- Rolul S4 în Bioconductor50 XP
- Definiția clasei S450 XP
- Interacțiunea cu clasele100 XP
- Introducere în biologia seturilor de date genomice50 XP
- Descoperind genomul drojdiei100 XP
- Partiționarea genomului de drojdie100 XP
- Genomuri disponibile50 XP
2
Biostrings și când să le folosești
Biostrings sunt containere eficiente din punct de vedere al memoriei pentru șiruri de caractere biologice. Biostrings include algoritmi de potrivire și alte utilitare pentru manipularea rapidă a secvențelor biologice mari sau a seturilor de secvențe. Vei descoperi cât de eficient poți lucra folosind containerele potrivite pentru secvențele tale. Vei învăța despre alfabete și manipularea secvențelor, folosind genomul mic al unui virus.
3
IRanges și GenomicRanges
Pachetele IRanges și GenomicRanges sunt, de asemenea, containere pentru stocarea și manipularea intervalelor genomice și a variabilelor definite de-a lungul unui genom. Aceste pachete oferă infrastructură și suport pentru multe alte pachete din Bioconductor, datorită funcționalităților lor bogate. Vei învăța cum să folosești aceste containere și metadatele asociate lor pentru manipularea secvențelor. Setul de date pe care îl vei analiza este o genă de interes din genomul uman.
4
Introducere în ShortRead
ShortRead este pachetul dedicat importului, manipulării și evaluării fișierelor fasta și fastq. Poți extrage subseturi, trunchia și filtra secvențele de interes și chiar genera rapoarte de calitate. Un bonus suplimentar spre finalul exercițiilor îți va oferi instrumente pentru evaluarea paralelă a calității – mai exact, pachetul Rqc. Vei lucra cu secvențe din genomul unei plante!
R
Introducere în Bioconductor în R
Curs
finalizat
