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R

강의

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

중급기술 수준
업데이트됨 2024. 9.
RNA-Seq 차등 발현 분석으로 다양한 질환·상태에서 중요한 유전자 후보를 식별합니다.
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RProbability & Statistics4시간16 동영상44 연습 문제3,150 XP21,162성취 증명서

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강의 설명

RNA-Seq는 특정 질환이나 조건의 근본이 되는 유전자와 경로를 파악하는 데 사용되는 흥미로운 차세대 시퀀싱 기법입니다. 고처리량 시퀀싱이 더 저렴해지고 다양한 연구자에게 보급되면서, 이 데이터를 분석하는 지식은 점점 더 중요한 역량이 되고 있어요. 이 과정에서 RNA-Seq 워크플로를 함께 배우고, 관심 있는 조건에서 어떤 유전자와 생물학적 과정이 중요한지 알아보는 방법을 익혀 보세요! 먼저 RNA-Seq 워크플로를 간단히 살펴보고, 특히 differential expression(DE) 분석에 초점을 맞춥니다. 각 유전자의 카운트부터 시작해, DE 분석을 위한 데이터 준비, 카운트 데이터의 품질 평가, 이상치 식별과 주요 변동 요인 파악 방법을 다룹니다. DESeq2 R 패키지를 사용해 음이항 모델로 카운트 데이터를 모델링하고, 차등 발현 유전자를 검정합니다. 결과는 히트맵과 화산도(volcano plot)로 시각화하고, 유의한 차등 발현 유전자를 식별해 저장합니다.

선수 조건

Introduction to Bioconductor in RIntroduction to Data Visualization with ggplot2
1

Introduction to RNA-Seq theory and workflow

In this chapter we explore what we can do with RNA-Seq data and why it is exciting. We learn about the different steps and considerations involved in an RNA-Seq workflow.
챕터 시작
2

Exploratory data analysis

3

Differential expression analysis with DESeq2

4

Exploration of differential expression results

In this final chapter we explore the differential expression results using visualizations, such as heatmaps and volcano plots. We also review the steps in the analysis and summarize the differential expression workflow with DESeq2.
챕터 시작
R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq
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