RNA-Seq com Bioconductor em R

IntermediárioNível de habilidade

Atualizado 09/2024

Use a análise de expressão diferencial do RNA-Seq para identificar genes que podem ser importantes para diferentes doenças ou condições.

Descrição do curso

RNA-Seq é um método empolgante de sequenciamento de nova geração usado para identificar genes e vias associados a determinadas doenças ou condições. À medida que o sequenciamento de alto rendimento se torna mais acessível a uma comunidade maior de pesquisadores, saber analisar esses dados vira uma habilidade cada vez mais valiosa. Venha aprender o fluxo de trabalho de RNA-Seq e descobrir quais genes e processos biológicos podem ser importantes para a sua condição de interesse! Vamos começar com uma breve visão geral do fluxo de trabalho de RNA-Seq, com ênfase na análise de expressão diferencial (DE). A partir das contagens para cada gene, o curso mostrará como preparar os dados para a análise de DE, avaliar a qualidade das contagens e identificar outliers e principais fontes de variação nos dados. Usaremos o pacote DESeq2, do R, para modelar os dados de contagem com um modelo binomial negativo e testar genes diferencialmente expressos. Vamos visualizar os resultados com heatmaps e gráficos vulcão, identificar os genes diferencialmente expressos significativos e salvá-los.

Pré-requisitos

Introduction to Bioconductor in R Introduction to Data Visualization with ggplot2

Introduction to RNA-Seq theory and workflow

In this chapter we explore what we can do with RNA-Seq data and why it is exciting. We learn about the different steps and considerations involved in an RNA-Seq workflow.

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