RNA-Seq con Bioconductor in R

RNA-Seq è un'entusiasmante tecnica di sequenziamento di nuova generazione usata per identificare geni e pathway alla base di specifiche malattie o condizioni. Man mano che il sequenziamento ad alta processività diventa più accessibile ed economico per una platea più ampia di ricercatori, saper analizzare questi dati sta diventando una competenza sempre più preziosa. Unisciti a noi per esplorare il workflow RNA-Seq e scoprire come individuare quali geni e processi biologici potrebbero essere importanti per la condizione che ti interessa! Inizieremo con una breve panoramica del workflow RNA-Seq con enfasi sull'analisi di espressione differenziale (DE). A partire dai conteggi per ciascun gene, il corso mostrerà come preparare i dati per l'analisi DE, valutare la qualità dei dati di conteggio e identificare outlier e principali fonti di variazione nei dati. Il pacchetto R DESeq2 verrà utilizzato per modellare i conteggi con un modello binomiale negativo e testare i geni a espressione differenziale. Verrà effettuata la visualizzazione dei risultati con heatmap e volcano plot, e i geni con espressione differenziale significativa verranno identificati e salvati.