Introduzione a Bioconductor in R

Le Biostrings sono contenitori di stringhe efficienti in memoria. Biostrings offre algoritmi di matching e altre utilità per la manipolazione rapida di grandi sequenze biologiche o insiemi di sequenze. Quanto puoi diventare efficiente usando i contenitori giusti per le tue sequenze? Imparerai gli alfabeti e la manipolazione delle sequenze utilizzando il piccolo genoma di un virus.

I package IRanges e GenomicRanges sono anch’essi contenitori per archiviare e manipolare intervalli genomici e variabili definite lungo un genoma. Questi package forniscono infrastruttura e supporto a molti altri package di Bioconductor grazie alle loro funzionalità avanzate. Imparerai come usare questi contenitori e i metadati associati per manipolare le tue sequenze. Il dataset che analizzerai è un gene di particolare interesse nel genoma umano.

ShortRead è il package per l’input, la manipolazione e la valutazione di file fasta e fastq. Puoi creare sottoinsiemi, rifilare e filtrare le sequenze di interesse, e persino generare un report di qualità. Un extra verso gli ultimi esercizi ti darà gli strumenti per una valutazione della qualità in parallelo, strizzando l’occhio a Rqc. Ancora più interessante: per questo userai sequenze del genoma di piante!