Name: Introduzione a Bioconductor in R
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Descrizione del corso

Gran parte della ricerca biologica, dalla medicina alla biotech, si sta orientando verso l’analisi di sequenze. Oggi generiamo dati mirati e dell’intero genoma in grandi quantità, che devono essere analizzati per rispondere a domande biologiche. Per aiutarti a iniziare, ti presenteremo il progetto Bioconductor. Bioconductor è, e costruisce, l’infrastruttura per condividere strumenti software (package), workflow e insiemi di dati per l’analisi e la comprensione dei dati genomici. Bioconductor è una piattaforma eccellente, accessibile a te, ed è una risorsa software open source sviluppata dalla comunità. Al termine di questo corso, saprai usare i package essenziali di Bioconductor e comprenderai la sua infrastruttura e alcuni dataset integrati. Usare BSgenome, Biostrings, IRanges, GenomicRanges, TxDB, ShortRead e Rqc con insiemi di dati reali di specie diverse sarà un’esperienza straordinaria!

Prerequisiti

Introduction to R Introduction to the Tidyverse

Curriculum

Programma del corso

Che cos’è Bioconductor?

In questo capitolo metterai subito le mani in pasta con Bioconductor. Bioconductor è il repository specializzato per software di bioinformatica, sviluppato e mantenuto dalla comunità R. Imparerai come installare e usare i package di Bioconductor. Ti presenteremo oggetti e funzioni S4, perché la maggior parte dei package in Bioconductor eredita da S4. Inoltre, userai un insieme di dati genomici reale di un fungo per esplorare il package BSgenome.

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Biostrings e quando usarle?

Le Biostrings sono contenitori di stringhe efficienti in memoria. Biostrings offre algoritmi di matching e altre utilità per la manipolazione rapida di grandi sequenze biologiche o insiemi di sequenze. Quanto puoi diventare efficiente usando i contenitori giusti per le tue sequenze? Imparerai gli alfabeti e la manipolazione delle sequenze utilizzando il piccolo genoma di un virus.

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IRanges e GenomicRanges

I package IRanges e GenomicRanges sono anch’essi contenitori per archiviare e manipolare intervalli genomici e variabili definite lungo un genoma. Questi package forniscono infrastruttura e supporto a molti altri package di Bioconductor grazie alle loro funzionalità avanzate. Imparerai come usare questi contenitori e i metadati associati per manipolare le tue sequenze. Il dataset che analizzerai è un gene di particolare interesse nel genoma umano.

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Introduzione a ShortRead

ShortRead è il package per l’input, la manipolazione e la valutazione di file fasta e fastq. Puoi creare sottoinsiemi, rifilare e filtrare le sequenze di interesse, e persino generare un report di qualità. Un extra verso gli ultimi esercizi ti darà gli strumenti per una valutazione della qualità in parallelo, strizzando l’occhio a Rqc. Ancora più interessante: per questo userai sequenze del genoma di piante!