RNA-Seq z Bioconductor w R

RNA-Seq to zaawansowana metoda sekwencjonowania nowej generacji, służąca do identyfikacji genów i szlaków biologicznych leżących u podłoża określonych chorób lub stanów. W miarę jak sekwencjonowanie wysokoprzepustowe staje się coraz bardziej dostępne dla szerszego grona badaczy, umiejętność analizy tych danych nabiera coraz większego znaczenia. Zapraszamy do nauki przepływu pracy RNA-Seq i odkrycia, jak identyfikować geny oraz procesy biologiczne istotne dla badanego stanu! Kurs rozpoczniemy od krótkiego przeglądu przepływu pracy RNA-Seq, ze szczególnym naciskiem na analizę różnicowej ekspresji (DE). Wychodząc od liczby odczytów dla każdego genu, omówimy przygotowanie danych do analizy DE, ocenę jakości danych zliczeniowych, identyfikację wartości odstających oraz wykrywanie głównych źródeł zmienności. Do modelowania danych zliczeniowych za pomocą modelu ujemnego dwumianowego i testowania genów różnicowo ekspresjowanych zostanie użyty pakiet DESeq2. Przeprowadzimy wizualizację wyników za pomocą map ciepła i wykresów wulkanicznych, a istotne geny różnicowo ekspresjowane zostaną zidentyfikowane i zapisane.