After doing these courses, I feel confident creating professional visualizations and dashboards
Shoebur RahmanProcurement Specialist, Giz Bangladesh
Opis kursu
Znaczna część badań biologicznych – od medycyny po biotechnologię – zmierza w kierunku analizy sekwencji. Generujemy coraz więcej danych genomicznych, zarówno celowanych, jak i z całego genomu, które wymagają analizy w celu odpowiedzi na pytania biologiczne. Aby ułatwić ci start, poznasz projekt Bioconductor. Bioconductor tworzy i rozwija infrastrukturę do udostępniania narzędzi programistycznych (pakietów), przepływów pracy i zbiorów danych służących do analizy i interpretacji danych genomicznych. To doskonała platforma – otwarte oprogramowanie rozwijane przez społeczność. Po ukończeniu tego kursu będziesz potrafić korzystać z kluczowych pakietów Bioconductor oraz rozumieć jego infrastrukturę i wbudowane zbiory danych. Praca z pakietami BSgenome, Biostrings, IRanges, GenomicRanges, TxDB, ShortRead i Rqc na rzeczywistych danych z różnych gatunków to wyjątkowe doświadczenie!
Wymagania wstępne
Program kursu
Plan kursu
1
Czym jest Bioconductor?
W tym rozdziale zapoznasz się z Bioconductor w praktyce. Bioconductor to specjalizowane repozytorium oprogramowania bioinformatycznego, tworzone i utrzymywane przez społeczność R. Nauczysz się instalować pakiety Bioconductor i korzystać z nich. Poznasz obiekty i funkcje klasy S4, ponieważ większość pakietów Bioconductor dziedziczy po S4. Ponadto użyjesz rzeczywistego zbioru danych genomicznych grzyba, aby zbadać pakiet BSgenome.
- Wprowadzenie do projektu Bioconductor50 XP
- Wersja Bioconductora100 XP
- BiocManager do instalacji pakietów100 XP
- Rola S4 w Bioconductorze50 XP
- Definicja klasy S450 XP
- Interakcja z klasami100 XP
- Biologia genomicznych zbiorów danych50 XP
- Odkrywanie genomu drożdży100 XP
- Podział genomu drożdży100 XP
- Dostępne genomy50 XP
2
Biostrings i kiedy ich używać?
Biostrings to pamięciooszczędne kontenery na łańcuchy znaków. Pakiet Biostrings oferuje algorytmy dopasowywania i inne narzędzia do szybkiego przetwarzania dużych sekwencji biologicznych lub zbiorów sekwencji. Dowiesz się, jak efektywnie pracować z właściwymi kontenerami dla swoich sekwencji. Poznasz alfabety i metody manipulacji sekwencjami na przykładzie małego genomu wirusa.
3
IRanges i GenomicRanges
Pakiety IRanges i GenomicRanges to kontenery do przechowywania i przetwarzania przedziałów genomicznych oraz zmiennych zdefiniowanych wzdłuż genomu. Stanowią fundament i wsparcie dla wielu innych pakietów Bioconductor dzięki swoim rozbudowanym funkcjom. Nauczysz się korzystać z tych kontenerów i powiązanych z nimi metadanych, aby manipulować swoimi sekwencjami. Analizowanym zbiorem danych będzie szczególny gen zainteresowania w genomie ludzkim.
4
Wprowadzenie do ShortRead
ShortRead to pakiet do wczytywania, przetwarzania i oceny plików fasta i fastq. Możesz tworzyć podzbiory sekwencji, przycinać je i filtrować, a nawet generować raporty jakości. W ostatnich ćwiczeniach czeka na ciebie dodatkowy bonus – narzędzia do równoległej oceny jakości, czyli pakiet Rqc. Do tego wszystkiego wykorzystasz sekwencje genomu roślinnego!
R
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Kurs
ukończony
