Name: Introdução ao Bioconductor em R
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Descrição do curso

Grande parte da pesquisa biológica, da medicina à biotecnologia, está migrando para a análise de sequências. Agora geramos dados massivos de genomas direcionados e completos, que precisam ser analisados para responder a perguntas biológicas. Para ajudar você a começar, vamos apresentar o projeto Bioconductor. O Bioconductor é e constrói a infraestrutura para compartilhar ferramentas de software (pacotes), fluxos de trabalho e conjuntos de dados para análise e compreensão de dados genômicos. O Bioconductor é uma excelente plataforma ao seu alcance e é um recurso de software aberto desenvolvido pela comunidade. Ao final deste curso, você será capaz de usar pacotes essenciais do Bioconductor e entender sua infraestrutura e alguns conjuntos de dados incorporados. Usar BSgenome, Biostrings, IRanges, GenomicRanges, TxDB, ShortRead e Rqc com conjuntos de dados reais de diferentes espécies vai ser uma experiência excepcional!

Pré-requisitos

Introduction to R Introduction to the Tidyverse

Programa de estudos

Conteúdo do curso

O que é Bioconductor?

Neste capítulo, você vai colocar a mão na massa com o Bioconductor. O Bioconductor é o repositório especializado de software de bioinformática, desenvolvido e mantido pela comunidade R. Você vai aprender a instalar e usar pacotes do Bioconductor. Também será apresentado a objetos e funções S4, porque a maioria dos pacotes dentro do Bioconductor herda de S4. Além disso, você vai usar um conjunto de dados genômicos real de um fungo para explorar o pacote BSgenome.

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Biostrings e quando usar?

Biostrings são contêineres de strings eficientes em memória. Biostrings tem algoritmos de correspondência e outras utilidades para manipulação rápida de grandes sequências biológicas ou conjuntos de sequências. O quanto você pode ganhar em eficiência usando os contêineres certos para suas sequências? Você vai aprender sobre alfabetos e manipulação de sequências usando o genoma minúsculo de um vírus.

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IRanges e GenomicRanges

Os pacotes IRanges e GenomicRanges também são contêineres para armazenar e manipular intervalos genômicos e variáveis definidas ao longo de um genoma. Esses pacotes fornecem infraestrutura e suporte para muitos outros pacotes do Bioconductor por conta de seus recursos avançados. Você vai aprender a usar esses contêineres e seus metadados associados para manipular suas sequências. O conjunto de dados que você vai analisar é um gene especial de interesse no genoma humano.

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Apresentando o ShortRead

ShortRead é o pacote para entrada, manipulação e avaliação de arquivos fasta e fastq. Você pode subamostrar, aparar e filtrar as sequências de interesse e até gerar um relatório de qualidade. Um bônus extra nos exercícios finais vai dar a você ferramentas para avaliação de qualidade em paralelo — sim, com o Rqc. E o mais legal: para isso, você vai usar sequências de genomas de plantas!