Après avoir suivi ces cours, je me sens confiant dans la création de visualisations et de tableaux de bord professionnels.
Shoebur RahmanSpécialiste des marchés publics, Giz Bangladesh
Description du cours
Une grande partie de la recherche en biologie, de la médecine à la biotech, s’oriente vers l’analyse de séquences. Nous générons désormais des données massives, ciblées ou de génomes entiers, qu’il faut analyser pour répondre à des questions biologiques. Pour vous aider à démarrer, vous allez découvrir le projet Bioconductor. Bioconductor propose et développe l’infrastructure nécessaire pour partager des outils logiciels (packages), des workflows et des jeux de données dédiés à l’analyse et à la compréhension des données génomiques. Bioconductor est une excellente plateforme à votre portée, et c’est une ressource logicielle ouverte développée par la communauté. À la fin de ce cours, vous saurez utiliser les packages Bioconductor essentiels et comprendrez son infrastructure ainsi que certains jeux de données intégrés. Utiliser BSgenome, Biostrings, IRanges, GenomicRanges, TxDB, ShortRead et Rqc avec de vrais jeux de données issus de différentes espèces sera une expérience exceptionnelle !
Prérequis
Programme de formation
Plan du cours
1
Qu’est-ce que Bioconductor ?
Dans ce chapitre, vous allez prendre en main Bioconductor. Bioconductor est le dépôt spécialisé pour les logiciels de bioinformatique, développé et maintenu par la communauté R. Vous apprendrez à installer et utiliser des packages Bioconductor. Vous serez initié aux objets et fonctions S4, car la plupart des packages de Bioconductor héritent de S4. En complément, vous utiliserez un véritable jeu de données génomiques d’un champignon pour explorer le package BSgenome.
- Introduction au projet Bioconductor50 XP
- Version de Bioconductor100 XP
- BiocManager pour installer des packages100 XP
- Le rôle de S4 dans Bioconductor50 XP
- Définition d’une classe S450 XP
- Interaction avec les classes100 XP
- Introduction à la biologie des jeux de données génomiques50 XP
- À la découverte du génome de la levure100 XP
- Partitionner le génome de la levure100 XP
- Génomes disponibles50 XP
2
Biostrings et quand les utiliser ?
Les Biostrings sont des conteneurs de chaînes efficaces en mémoire. Biostrings propose des algorithmes d’appariement et d’autres utilitaires pour manipuler rapidement de longues séquences biologiques ou des ensembles de séquences. À quel point pouvez-vous gagner en efficacité en utilisant les bons conteneurs pour vos séquences ? Vous découvrirez les alphabets et la manipulation de séquences en utilisant le petit génome d’un virus.
3
IRanges et GenomicRanges
Les packages IRanges et GenomicRanges sont aussi des conteneurs pour stocker et manipuler des intervalles génomiques et des variables définies le long d’un génome. Ces packages fournissent une infrastructure et un support à de nombreux autres packages Bioconductor grâce à leurs fonctionnalités riches. Vous apprendrez à utiliser ces conteneurs et leurs métadonnées associées pour manipuler vos séquences. Le jeu de données étudié portera sur un gène d’intérêt particulier du génome humain.
4
Découvrir ShortRead
ShortRead est le package pour l’import, la manipulation et l’évaluation de fichiers fasta et fastq. Vous pouvez sous-échantillonner, rogner et filtrer les séquences d’intérêt, et même produire un rapport de qualité. En bonus dans les derniers exercices, vous aurez les outils pour une évaluation de qualité en parallèle — clin d’œil à Rqc. Et bonne nouvelle : pour cela, vous utiliserez des séquences de génomes végétaux !
R
Introduction à Bioconductor avec R
Cours
terminé
