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Descripción del curso
Gran parte de la investigación biológica, desde la medicina hasta la biotecnología, se está orientando al análisis de secuencias. Ahora generamos datos masivos de genomas completos y dirigidos que necesitan analizarse para responder a preguntas biológicas. Para ayudarte a empezar, te presentaremos el proyecto Bioconductor. Bioconductor es, y construye, la infraestructura para compartir herramientas de software (paquetes), flujos de trabajo y conjuntos de datos para el análisis y la comprensión de datos genómicos. Bioconductor es una plataforma excelente y accesible para ti, y es un recurso de software abierto desarrollado por la comunidad. Al final de este curso, podrás usar paquetes esenciales de Bioconductor y comprender su infraestructura y algunos conjuntos de datos incorporados. ¡Usar BSgenome, Biostrings, IRanges, GenomicRanges, TxDB, ShortRead y Rqc con conjuntos de datos reales de distintas especies será una experiencia excepcional!
Requisitos previos
Programa de formación
Contenido del curso
1
¿Qué es Bioconductor?
En este capítulo trabajarás directamente con Bioconductor. Bioconductor es el repositorio especializado de software de bioinformática, desarrollado y mantenido por la comunidad de R. Aprenderás a instalar y usar paquetes de Bioconductor. También conocerás los objetos y funciones S4, porque la mayoría de paquetes en Bioconductor heredan de S4. Además, usarás un conjunto de datos genómicos real de un hongo para explorar el paquete BSgenome.
- Introducción al proyecto Bioconductor50 XP
- Versión de Bioconductor100 XP
- BiocManager para instalar paquetes100 XP
- El papel de S4 en Bioconductor50 XP
- Definición de clase S450 XP
- Interacción con clases100 XP
- Introducción a la biología de los conjuntos de datos genómicos50 XP
- Descubriendo el genoma de la levadura100 XP
- Particionando el genoma de levadura100 XP
- Genomas disponibles50 XP
2
Biostrings y cuándo usarlas
Biostrings son contenedores de cadenas eficientes en memoria. Biostrings incluye algoritmos de búsqueda y otras utilidades para manipular rápidamente secuencias biológicas grandes o conjuntos de secuencias. ¿Cuán eficiente puedes ser usando los contenedores adecuados para tus secuencias? Aprenderás sobre alfabetos y manipulación de secuencias usando el pequeño genoma de un virus.
3
IRanges y GenomicRanges
Los paquetes IRanges y GenomicRanges también son contenedores para almacenar y manipular intervalos genómicos y variables definidas a lo largo de un genoma. Estos paquetes proporcionan infraestructura y soporte a muchos otros paquetes de Bioconductor gracias a sus funcionalidades. Aprenderás a usar estos contenedores y sus metadatos asociados para manipular tus secuencias. El conjunto de datos que verás es un gen especial de interés en el genoma humano.
4
Introducción a ShortRead
ShortRead es el paquete para la entrada, manipulación y evaluación de archivos fasta y fastq. Puedes crear subconjuntos, recortar y filtrar las secuencias de interés, e incluso generar un informe de calidad. Como extra en los últimos ejercicios tendrás herramientas para evaluación de calidad en paralelo, guiño, guiño: Rqc. ¡Y lo mejor es que para esto usarás secuencias de genoma de plantas!
R
Introducción a Bioconductor en R
Curso
completado
