After doing these courses, I feel confident creating professional visualizations and dashboards
Shoebur RahmanProcurement Specialist, Giz Bangladesh
コース説明
医療からバイオテックに至るまで、生物学研究の多くが配列解析へとシフトしています。いまや標的領域からゲノム全体までのビッグデータが生成されており、生物学的な疑問に答えるための解析が必要です。本コースでは、その第一歩としてBioconductorプロジェクトを紹介します。Bioconductorは、ゲノムデータの解析と理解のためのソフトウェアツール（パッケージ）、ワークフロー、データセットを共有するための基盤を構築・提供しています。Bioconductorは誰でも利用できる優れたプラットフォームであり、コミュニティによって開発されるオープンソース資源です。コース修了時には、主要なBioconductorパッケージを使いこなし、その基盤やいくつかの組み込みデータセットを理解できるようになります。BSgenome、Biostrings、IRanges、GenomicRanges、TxDB、ShortRead、Rqcを使って、さまざまな生物種の実データを扱う体験はきっと特別なものになります！
前提条件
カリキュラム
コース概要
1
Bioconductorとは？
この章では、Bioconductorを実際に操作して学びます。Bioconductorは、Rコミュニティによって開発・維持されるバイオインフォマティクス用の特化リポジトリです。Bioconductorパッケージのインストール方法と使い方を学びます。さらに、Bioconductorの多くのパッケージがS4を継承しているため、S4オブジェクトと関数についても紹介します。加えて、実際の真菌のゲノムデータセットを使って、BSgenomeパッケージを探索します。
2
Biostringsとその使いどころ
Biostringsは、メモリ効率の高い文字列コンテナです。Biostringsにはマッチングアルゴリズムや各種ユーティリティが備わっており、大規模な生物配列や配列集合を高速に操作できます。配列に適したコンテナを使うことで、どれだけ効率化できるのでしょうか？この章では、アルファベットと配列操作について、あるウイルスの小さなゲノムを使って学びます。
3
IRangesとGenomicRanges
IRangesとGenomicRangesパッケージも、ゲノム上に定義された区間や変数を保存・操作するためのコンテナです。これらの充実した機能により、多くのBioconductorパッケージの基盤として利用されています。これらのコンテナと関連メタデータを用いて、配列をどのように操作するかを学びます。題材として、人のゲノムにある特定の注目遺伝子を扱います。
4
ShortRead入門
ShortReadは、fastaおよびfastqファイルの読み込み、操作、品質評価のためのパッケージです。対象となる配列の抽出、トリミング、フィルタリングができ、品質レポートの作成も可能です。章の終盤には、並列品質評価のためのツールRqcも紹介します。ここでは植物ゲノムの配列を使って学習します。
R
Rで始めるBioconductor入門
コース修了
