RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

RNA-Seq เป็นวิธีการ next-generation sequencing ที่น่าสนใจ ใช้สำหรับระบุยีนและเส้นทางชีวภาพที่เกี่ยวข้องกับโรคหรือภาวะต่าง ๆ เมื่อการ sequencing แบบ high-throughput มีราคาถูกลงและเข้าถึงได้ง่ายขึ้นสำหรับนักวิจัยในวงกว้าง ทักษะในการวิเคราะห์ข้อมูลประเภทนี้จึงมีคุณค่ามากขึ้นเรื่อย ๆ มาเรียนรู้เกี่ยวกับขั้นตอนการทำงานของ RNA-Seq และวิธีระบุยีนและกระบวนการทางชีวภาพที่อาจมีความสำคัญต่อภาวะที่คุณสนใจไปพร้อมกัน เราจะเริ่มต้นด้วยภาพรวมของขั้นตอน RNA-Seq โดยเน้นที่การวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างกัน (differential expression หรือ DE) จากนั้นจะครอบคลุมการเตรียมข้อมูลสำหรับการวิเคราะห์ DE การประเมินคุณภาพของข้อมูล count การระบุค่าผิดปกติ และการตรวจหาแหล่งที่มาหลักของความแปรปรวนในข้อมูล โดยใช้แพ็กเกจ DESeq2 ใน R เพื่อสร้างโมเดลข้อมูล count ด้วย negative binomial model และทดสอบหายีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกัน นอกจากนี้จะมีการแสดงผลลัพธ์ด้วย heatmap และ volcano plot รวมถึงการระบุและบันทึกยีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ