After doing these courses, I feel confident creating professional visualizations and dashboards
Shoebur RahmanProcurement Specialist, Giz Bangladesh
รายละเอียดคอร์ส
งานวิจัยทางชีววิทยาในปัจจุบัน ไม่ว่าจะเป็นด้านการแพทย์หรือเทคโนโลยีชีวภาพ กำลังมุ่งสู่การวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์มากขึ้นเรื่อย ๆ เราสามารถสร้างข้อมูลขนาดใหญ่จากจีโนมแบบเฉพาะเจาะจงและแบบทั้งจีโนมได้แล้ว และข้อมูลเหล่านี้จำเป็นต้องได้รับการวิเคราะห์เพื่อตอบคำถามทางชีววิทยา คอร์สนี้จะแนะนำให้รู้จักกับโปรเจกต์ Bioconductor ซึ่งเป็นแพลตฟอร์มที่สร้างโครงสร้างพื้นฐานสำหรับการแบ่งปันเครื่องมือซอฟต์แวร์ (แพ็กเกจ) เวิร์กโฟลว์ และชุดข้อมูล เพื่อการวิเคราะห์และทำความเข้าใจข้อมูลจีโนมิกส์ Bioconductor เป็นแพลตฟอร์มที่ทุกคนเข้าถึงได้และพัฒนาโดยชุมชนในรูปแบบซอฟต์แวร์โอเพนซอร์ส เมื่อจบคอร์สนี้ จะสามารถใช้แพ็กเกจหลักของ Bioconductor ได้ รวมถึงทำความเข้าใจโครงสร้างพื้นฐานและชุดข้อมูลที่มีในตัว การได้ทำงานกับ BSgenome, Biostrings, IRanges, GenomicRanges, TxDB, ShortRead และ Rqc โดยใช้ข้อมูลจริงจากสิ่งมีชีวิตหลากหลายชนิดถือเป็นประสบการณ์ที่น่าประทับใจอย่างยิ่ง
ข้อกำหนดเบื้องต้น
หลักสูตร
โครงสร้างคอร์ส
1
Bioconductor คืออะไร?
ในบทนี้ จะได้ลงมือปฏิบัติกับ Bioconductor โดยตรง Bioconductor คือแหล่งรวมแพ็กเกจเฉพาะทางด้านไบโออินฟอร์เมติกส์ ที่พัฒนาและดูแลโดยชุมชน R จะได้เรียนรู้วิธีติดตั้งและใช้งานแพ็กเกจของ Bioconductor รวมถึงทำความรู้จักกับอ็อบเจกต์และฟังก์ชันแบบ S4 เนื่องจากแพ็กเกจส่วนใหญ่ใน Bioconductor สืบทอดมาจาก S4 นอกจากนี้ยังได้ใช้ชุดข้อมูลจีโนมจริงของเชื้อราเพื่อสำรวจแพ็กเกจ BSgenome อีกด้วย
2
Biostrings และกรณีที่ควรใช้
Biostrings คือคอนเทนเนอร์สำหรับจัดเก็บสตริงที่ใช้หน่วยความจำอย่างมีประสิทธิภาพ พร้อมอัลกอริทึมการจับคู่และเครื่องมืออื่น ๆ สำหรับการจัดการลำดับชีวภาพขนาดใหญ่ได้อย่างรวดเร็ว จะได้เรียนรู้เกี่ยวกับตัวอักษรทางชีวภาพ (alphabets) และการจัดการลำดับนิวคลีโอไทด์ โดยใช้จีโนมขนาดเล็กของไวรัสเป็นตัวอย่าง
3
IRanges และ GenomicRanges
แพ็กเกจ IRanges และ GenomicRanges เป็นคอนเทนเนอร์สำหรับจัดเก็บและจัดการช่วงจีโนม (genomic intervals) รวมถึงตัวแปรที่กำหนดตามตำแหน่งในจีโนม แพ็กเกจเหล่านี้ทำหน้าที่เป็นโครงสร้างพื้นฐานและสนับสนุนแพ็กเกจอื่น ๆ ใน Bioconductor อีกมากมาย จะได้เรียนรู้วิธีใช้คอนเทนเนอร์เหล่านี้และข้อมูล metadata ที่เกี่ยวข้อง เพื่อจัดการลำดับนิวคลีโอไทด์ โดยชุดข้อมูลที่ใช้จะเป็นยีนที่มีความสำคัญพิเศษในจีโนมของมนุษย์
4
แนะนำ ShortRead
ShortRead คือแพ็กเกจสำหรับนำเข้า จัดการ และประเมินคุณภาพไฟล์ FASTA และ FASTQ สามารถตัดทอน กรอง และเลือกลำดับที่สนใจได้ รวมถึงสร้างรายงานคุณภาพได้ด้วย ในช่วงท้ายของบทนี้ยังจะได้รู้จักกับเครื่องมือสำหรับการประเมินคุณภาพแบบขนานอย่าง Rqc อีกด้วย ชุดข้อมูลที่ใช้ในบทนี้เป็นลำดับจีโนมของพืช
R
Bioconductor เบื้องต้นใน R
เรียนจบแล้ว
