Name: Introductie tot Bioconductor in R
Rating: 4.7890625 (128 reviews)

Cursusbeschrijving

Een groot deel van biologisch onderzoek, van geneeskunde tot biotech, verschuift naar sequentie-analyse. We genereren nu gerichte en volledige genoom-big data die geanalyseerd moeten worden om biologische vragen te beantwoorden. Om je op weg te helpen, maak je kennis met het Bioconductor-project. Bioconductor is en bouwt de infrastructuur om softwaretools (packages), werkstromen en gegevenssets te delen voor de analyse en het begrijpen van genomische data. Bioconductor is een uitstekend platform waar jij bij kunt, en het is een open softwarebron die door de community wordt ontwikkeld. Aan het einde van deze cursus kun je essentiële Bioconductor-packages gebruiken en krijg je grip op de infrastructuur en enkele ingebouwde gegevenssets. Werken met BSgenome, Biostrings, IRanges, GenomicRanges, TxDB, ShortRead en Rqc met echte datasets van verschillende soorten wordt een bijzondere ervaring!

Vereisten

Introduction to R Introduction to the Tidyverse

Lesprogramma

Cursusoverzicht

Wat is Bioconductor?

In dit hoofdstuk ga je praktisch aan de slag met Bioconductor. Bioconductor is de gespecialiseerde repository voor bio-informaticasoftware, ontwikkeld en onderhouden door de R-community. Je leert hoe je Bioconductor-packages installeert en gebruikt. Je maakt kennis met S4-objecten en -functies, omdat de meeste packages binnen Bioconductor van S4 overerven. Daarnaast gebruik je een echte genomische gegevensset van een schimmel om het BSgenome-package te verkennen.

Hoofdstuk starten

Biostrings en wanneer gebruik je ze?

Biostrings zijn geheugenefficiënte string-containers. Biostrings heeft match-algoritmes en andere hulpmiddelen voor snelle bewerking van grote biologische sequenties of sets van sequenties. Hoe efficiënt kun je worden door de juiste containers voor je sequenties te gebruiken? Je leert over alfabetten en sequentiebewerking met behulp van het kleine genoom van een virus.

Hoofdstuk starten

IRanges en GenomicRanges

De IRanges- en GenomicRanges-packages zijn ook containers voor het opslaan en manipuleren van genomische intervallen en variabelen die langs een genoom zijn gedefinieerd. Deze packages bieden infrastructuur en ondersteuning aan veel andere Bioconductor-packages dankzij hun rijke functionaliteit. Je leert hoe je deze containers en hun bijbehorende metadata gebruikt voor de bewerking van je sequenties. De gegevensset die je bekijkt is een speciaal gen van interesse in het menselijk genoom.

Hoofdstuk starten

Introductie tot ShortRead

ShortRead is de package voor het inlezen, bewerken en beoordelen van fasta- en fastq-bestanden. Je kunt sequenties van interesse subsetten, trimmen en filteren, en zelfs een kwaliteitsrapport maken. Als extraatje krijg je in de laatste oefeningen de tools voor parallelle kwaliteitsbeoordeling, knipoog, knipoog: Rqc. Extra leuk: hiervoor gebruik je plantengenoomsequenties!