Po ukończeniu tych kursów czuję się pewnie w tworzeniu profesjonalnych wizualizacji i pulpitów nawigacyjnych
Shoebur RahmanSpecjalista ds. zakupów, Giz Bangladesh
Opis kursu
Analiza ChIP-seq to ważna gałąź bioinformatyki. Pozwala zajrzeć w mechanizmy napędzające komórki naszego ciała. Czy to neuron pomagający ci czytać tę stronę, czy komórka odpornościowa patrolująca organizm w poszukiwaniu drobnoustrojów – wszystkie noszą ten sam genom. Różni je to, które geny są w danym momencie aktywne. O tym decyduje złożony system białek, które mogą włączać i wyłączać geny. Gdy ten mechanizm regulacyjny wymyka się spod kontroli, może prowadzić do nowotworów i innych poważnych chorób. Analiza ChIP-seq pozwala zrozumieć funkcję białek regulatorowych, ich rolę w powstawaniu chorób oraz sposoby interwencji, które mogą zapobiec wymknięciu się komórek spod kontroli. W tym kursie przeanalizujesz prawdziwy zbiór danych, ucząc się jednocześnie, jak przetwarzać i analizować dane ChIP-seq w R.
Wymagania wstępne
Program nauczania
Plan kursu
1
Wprowadzenie do ChIP-seq
Wprowadzenie do eksperymentów ChIP-seq. Dlaczego są interesujące? Jakie zjawiska można badać za pomocą ChIP-seq i czego możemy się z tych eksperymentów dowiedzieć.
2
Od podstaw – przygotowanie danych ChIP-seq
Tu zaczyna się właściwa analiza ChIP-seq. Rozdział przedstawia narzędzia Bioconductor do importowania i czyszczenia danych.
3
Porównywanie próbek ChIP-seq
Rozdział wprowadza techniki identyfikowania i wizualizowania różnic między próbkami ChIP-seq.
4
Od pików do genów i ich funkcji
Umiejętność identyfikowania różnic w wiązaniu między grupami próbek to dopiero początek – co tak naprawdę oznaczają te różnice? Rozdział omawia strategie interpretowania wyników analizy różnicowego wiązania, pozwalające przejść od wywołanych pików do biologicznie istotnych wniosków.
R
ChIP-seq z Bioconductor w R
Kurs
ukończony
