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コース

Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

中級4 時間

Bioconductorを用い、人のがんデータセットでChIP-seqデータの解析と解釈を学びます。

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コースの説明

ChIP-seq解析はバイオインフォマティクスの重要な分野で、私たちの体の細胞がどのように働いているのかを知る手がかりを与えてくれます。いまこのページを読むのを助けている脳の細胞も、体内で病原体を見張る免疫細胞も、同じゲノムを持っています。違いを生むのは、その時々でどの遺伝子が働いているかです。どの遺伝子が活性化されるかは、遺伝子をオン・オフする複雑なタンパク質の仕組みによって決まります。この制御機構が乱れると、がんなどの重い疾患につながることがあります。ChIP-seq解析は、この制御タンパク質の働きや病気への関与を理解し、細胞が制御不能に陥るのを防ぐための手がかりを与えてくれます。本コースでは、実データを使いながら、RでChIP-seqデータを処理・解析する方法を学びます。

前提条件

カリキュラム

コース概要

1

ChIP-seq入門

ChIP-seq実験の概要を紹介します。なぜ興味深いのか、ChIP-seqでどのような現象を調べられるのか、そしてそこから何が学べるのかを見ていきます。
4

ピークから遺伝子、そして機能へ

サンプル群間のdifferential bindingを特定できるのは有用ですが、それは何を意味するのでしょうか。この章では、ピークコールから生物学的に意味のある知見へとつなげるために、differential bindingの結果を解釈する戦略について解説します。
R

Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

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