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Descrição do curso
A análise de ChIP-seq é um ramo importante da bioinformática. Ela oferece uma janela para a maquinaria que faz as células do nosso corpo funcionarem. Seja um neurônio ajudando você a ler esta página da web ou uma célula imune patrulhando seu corpo em busca de microrganismos que possam deixá-lo doente, todas elas carregam o mesmo genoma. O que as diferencia são os genes que estão ativos em um dado momento. Quais genes são esses é determinado por um sistema complexo de proteínas que podem ativar e desativar genes. Quando essa maquinaria regulatória sai do controle, pode levar ao câncer e a outras doenças debilitantes. A análise de ChIP-seq nos permite entender a função de proteínas regulatórias, como elas podem contribuir para doenças e pode oferecer insights sobre como intervir para evitar que as células percam o controle. Neste curso, você vai explorar um conjunto de dados real enquanto aprende a processar e analisar dados de ChIP-seq em R.
Pré-requisitos
Programa de estudos
Conteúdo do curso
1
Introdução ao ChIP-seq
Introdução aos experimentos de ChIP-seq. Por que eles são interessantes? Que tipo de fenômenos podem ser estudados com ChIP-seq e o que podemos aprender com esses experimentos.
2
De Volta ao Básico - Preparando dados de ChIP-seq
Agora a análise de ChIP-seq começa para valer. Este capítulo apresenta ferramentas do Bioconductor para importar e limpar os dados.
3
Comparando amostras de ChIP-seq
Este capítulo apresenta técnicas para identificar e visualizar diferenças entre amostras de ChIP-seq.
4
Dos Picos aos Genes e à Função
Ser capaz de identificar ligação diferencial entre grupos de amostras é ótimo, mas o que isso significa? Este capítulo discute estratégias para interpretar resultados de ligação diferencial e ir das chamadas de pico a insights biologicamente significativos.
R
ChIP-seq com Bioconductor em R
Curso
concluído
