ChIP-seq avec Bioconductor en R

L’analyse ChIP-seq est une branche importante de la bioinformatique. Elle nous ouvre une fenêtre sur la machinerie qui fait fonctionner les cellules de notre corps. Qu’il s’agisse d’un neurone qui vous aide à lire cette page web ou d’une cellule immunitaire qui patrouille à la recherche de micro-organismes pouvant vous rendre malade, toutes portent le même génome. Ce qui les différencie, ce sont les gènes actifs à un moment donné. Les gènes concernés sont déterminés par un système complexe de protéines capables d’activer ou de désactiver les gènes. Lorsque cette machinerie de régulation se dérègle, elle peut conduire à des cancers et à d’autres maladies invalidantes. L’analyse ChIP-seq nous permet de comprendre la fonction des protéines régulatrices, leur contribution potentielle aux maladies et offre des pistes pour intervenir afin d’éviter que les cellules ne perdent le contrôle. Dans ce cours, vous explorerez un jeu de données réel tout en apprenant à traiter et analyser des données ChIP-seq en R.