Last chance: 50% off unlimited learning
Sale ends in
Descrizione del corso
L’analisi ChIP-seq è un ramo fondamentale della bioinformatica. Ci offre uno sguardo dentro la macchina che fa funzionare le cellule del nostro corpo. Che si tratti di un neurone che ti aiuta a leggere questa pagina web o di una cellula immunitaria che pattuglia il corpo alla ricerca di microrganismi che potrebbero farti ammalare, tutte portano lo stesso genoma. Ciò che le distingue sono i geni attivi in un dato momento. Quali geni si attivano è determinato da un complesso sistema di proteine che possono accendere e spegnere i geni. Quando questa macchina di regolazione finisce fuori controllo, può portare a tumori e ad altre malattie debilitanti. L’analisi ChIP-seq ci permette di capire la funzione delle proteine regolatorie, come possano contribuire alla malattia e fornisce spunti su come potremmo intervenire per evitare che le cellule vadano fuori controllo. In questo corso esplorerai un insieme di dati reale mentre impari a processare e analizzare dati ChIP-seq in R.
Prerequisiti
Programma
Struttura del corso
1
Introduzione a ChIP-seq
Introduzione agli esperimenti ChIP-seq. Perché sono interessanti? Quali fenomeni si possono studiare con ChIP-seq e cosa possiamo imparare da questi esperimenti.
2
Ripassiamo le basi - Preparare i dati ChIP-seq
Ora inizia davvero l’analisi ChIP-seq. Questo capitolo introduce gli strumenti di Bioconductor per importare e ripulire i dati.
3
Confrontare campioni ChIP-seq
Questo capitolo introduce tecniche per identificare e visualizzare le differenze tra campioni ChIP-seq.
4
Dai picchi ai geni fino alla funzione
Saper identificare il legame differenziale tra gruppi di campioni è ottimo, ma cosa significa? Questo capitolo discute strategie per interpretare i risultati del legame differenziale, passando dalle chiamate dei picchi a intuizioni biologicamente significative.
R
ChIP-seq con Bioconductor in R
Corso
completato
