Nach diesen Kursen fühle ich mich sicher, professionelle Visualisierungen und Dashboards zu erstellen.
Shoebur RahmanBeschaffungsspezialist, Giz Bangladesh
Kursbeschreibung
Die Analyse von ChIP-seq ist ein wichtiger Bereich der Bioinformatik. Sie eröffnet dir Einblicke in die Mechanismen, die unsere Körperzellen am Laufen halten. Ob Nervenzelle, die dir hilft, diese Webseite zu lesen, oder Immunzelle, die deinen Körper nach Erregern absucht – sie alle tragen dasselbe Genom. Was sie unterscheidet, sind die Gene, die zu einem bestimmten Zeitpunkt aktiv sind. Welche das sind, bestimmt ein komplexes System von Proteinen, die Gene an- und abschalten können. Gerät diese regulatorische Maschinerie außer Kontrolle, kann das zu Krebs und anderen schweren Krankheiten führen. ChIP-seq-Analysen helfen uns, die Funktion regulatorischer Proteine zu verstehen, ihren Beitrag zu Krankheiten zu erkennen und Ansätze zu finden, wie wir eingreifen können, um zu verhindern, dass Zellen aus dem Ruder laufen. In diesem Kurs arbeitest du mit einem realen Datensatz und lernst, wie du ChIP-seq-Daten in R aufbereitest und analysierst.
Voraussetzungen
Lernprogramm
Kursübersicht
1
Einführung in ChIP-seq
Einführung in ChIP-seq-Experimente. Warum sind sie interessant? Welche Phänomene lassen sich mit ChIP-seq untersuchen und was können wir aus diesen Experimenten lernen?
2
Zurück zu den Grundlagen – ChIP-seq-Daten vorbereiten
Jetzt beginnt die eigentliche ChIP-seq-Analyse. Dieses Kapitel stellt Bioconductor-Tools zum Import und zur Bereinigung der Daten vor.
3
ChIP-seq-Proben vergleichen
Dieses Kapitel führt Techniken ein, um Unterschiede zwischen ChIP-seq-Proben zu identifizieren und zu visualisieren.
4
Von Peaks zu Genen zu Funktion
Differenzielles Binding zwischen Probengruppen zu erkennen ist großartig – aber was bedeutet das? Dieses Kapitel diskutiert Strategien, um Ergebnisse des differentiellen Bindings zu interpretieren und von Peak-Calls zu biologisch aussagekräftigen Erkenntnissen zu gelangen.
R
ChIP-seq mit Bioconductor in R
Kurs
abgeschlossen
