Last chance: 50% off unlimited learning
Sale ends in
Cursusbeschrijving
ChIP-seq-analyse is een belangrijk onderdeel van bio-informatica. Het geeft een inkijkje in de machinerie die onze cellen laat werken. Of het nu een hersencel is die je helpt deze webpagina te lezen of een immuuncel die je lichaam afspeurt naar micro-organismen die je ziek kunnen maken: ze dragen allemaal hetzelfde genoom. Wat ze onderscheidt, zijn de genen die op een bepaald moment actief zijn. Welke genen dat zijn, wordt bepaald door een complex systeem van eiwitten die genen kunnen aan- en uitzetten. Als deze regulerende machinerie ontspoort, kan dat leiden tot kanker en andere slopende ziekten. Met ChIP-seq-analyse kunnen we de functie van regulerende eiwitten begrijpen, zien hoe ze kunnen bijdragen aan ziekte en inzicht krijgen in hoe we mogelijk kunnen ingrijpen om te voorkomen dat cellen ontsporen. In deze cursus werk je met een echte gegevensset terwijl je leert hoe je ChIP-seq-data in R verwerkt en analyseert.
Vereisten
Lesprogramma
Cursusoverzicht
1
Introductie tot ChIP-seq
Introductie tot ChIP-seq-experimenten. Waarom zijn ze interessant? Welke fenomenen kun je met ChIP-seq bestuderen en wat kunnen we van deze experimenten leren?
2
Terug naar de basis - ChIP-seq-data voorbereiden
Nu begint de ChIP-seq-analyse echt. In dit hoofdstuk maak je kennis met Bioconductor-tools om de data te importeren en op te schonen.
3
ChIP-seq-samples vergelijken
Dit hoofdstuk introduceert technieken om verschillen tussen ChIP-seq-samples te identificeren en te visualiseren.
4
Van pieken naar genen naar functie
Verschillen in binding tussen groepen samples kunnen vinden is mooi, maar wat betekent het? Dit hoofdstuk bespreekt strategieën om differentiële bindingsresultaten te interpreteren en zo van piekaanroepen naar biologisch betekenisvolle inzichten te gaan.
R
ChIP-seq met Bioconductor in R
Cursus
voltooid
