Build your ultimate AI agent
Описание курса
Анализ ChIP-seq — важное направление биоинформатики, открывающее окно в молекулярные механизмы, которые управляют жизнью клеток нашего организма. Нейроны, помогающие вам читать эту страницу, и иммунные клетки, защищающие тело от болезнетворных микроорганизмов, несут один и тот же геном. Различает их то, какие гены активны в каждый конкретный момент. Это определяется сложной системой белков, способных включать и выключать гены. Когда регуляторные механизмы выходят из строя, это может приводить к раку и другим тяжёлым заболеваниям. Анализ ChIP-seq позволяет изучить функции регуляторных белков, их роль в развитии болезней и найти возможные пути вмешательства, чтобы не допустить бесконтрольного деления клеток. В этом курсе вы будете работать с реальным набором данных и научитесь обрабатывать и анализировать данные ChIP-seq в R.
Предварительные требования
Программа
Структура курса
1
Введение в ChIP-seq
Введение в эксперименты ChIP-seq: почему они важны, какие явления можно изучать с их помощью и что позволяют узнать такие эксперименты.
2
Основы подготовки данных ChIP-seq
Здесь анализ ChIP-seq начинается всерьёз. В этой главе представлены инструменты Bioconductor для импорта и очистки данных.
3
Сравнение образцов ChIP-seq
В этой главе рассматриваются методы выявления и визуализации различий между образцами ChIP-seq.
4
От пиков — к генам и их функциям
Умение выявлять дифференциальное связывание между группами образцов — это уже немало, но что это означает на практике? В этой главе обсуждаются стратегии интерпретации результатов дифференциального связывания: от идентификации пиков — к биологически значимым выводам.
R
ChIP-seq с Bioconductor в R
Курс
завершён
