Name: Введение в Bioconductor на R
Rating: 4.788617886178862 (123 reviews)

Описание курса

Значительная часть биологических исследований — от медицины до биотехнологий — всё активнее опирается на анализ последовательностей. Сегодня генерируются огромные массивы данных на основе таргетного и полногеномного секвенирования, которые необходимо анализировать для ответа на биологические вопросы. Чтобы помочь вам начать работу, мы познакомим вас с проектом Bioconductor. Bioconductor — это платформа с открытым исходным кодом, разрабатываемая сообществом: она предоставляет инфраструктуру для обмена программными инструментами (пакетами), рабочими процессами и наборами данных для анализа и интерпретации геномных данных. По завершении курса вы сможете работать с ключевыми пакетами Bioconductor, разберётесь в его инфраструктуре и встроенных наборах данных. Работа с пакетами BSgenome, Biostrings, IRanges, GenomicRanges, TxDB, ShortRead и Rqc на реальных данных различных организмов станет по-настоящему ценным опытом!

Предварительные требования

Introduction to R Introduction to the Tidyverse

Программа

Структура курса

Что такое Bioconductor?

В этой главе вы начнёте работать с Bioconductor на практике. Bioconductor — специализированный репозиторий биоинформатического программного обеспечения, разработанный и поддерживаемый сообществом R. Вы узнаете, как устанавливать и использовать пакеты Bioconductor. Мы познакомим вас с объектами и функциями класса S4, поскольку большинство пакетов Bioconductor основаны именно на этом классе. Кроме того, вы будете работать с реальным геномным набором данных гриба, изучая пакет BSgenome.

Начать главу

Biostrings: что это и когда их использовать?

Biostrings — это эффективные с точки зрения использования памяти контейнеры для хранения строк. Пакет Biostrings включает алгоритмы поиска совпадений и другие инструменты для быстрой обработки больших биологических последовательностей или их наборов. Вы узнаете об алфавитах и методах работы с последовательностями на примере компактного генома вируса.

Начать главу

IRanges и GenomicRanges

Пакеты IRanges и GenomicRanges также представляют собой контейнеры для хранения и обработки геномных интервалов и переменных, определённых вдоль генома. Благодаря широким возможностям эти пакеты служат основой и поддерживают работу многих других пакетов Bioconductor. Вы научитесь использовать эти контейнеры и связанные с ними метаданные для работы с последовательностями. В качестве примера рассматривается особый ген интереса в геноме человека.

Начать главу

Знакомство с ShortRead

ShortRead — пакет для чтения, обработки и оценки файлов формата fasta и fastq. С его помощью можно создавать подвыборки последовательностей, обрезать их, фильтровать по нужным критериям и формировать отчёты о качестве. В завершение главы вас ждёт приятный бонус: инструменты для параллельной оценки качества — пакет Rqc. В этой главе вы будете работать с последовательностями растительного генома!