Efter att ha gått de här kurserna känner jag mig trygg med att skapa professionella visualiseringar och dashboards
Shoebur RahmanInköpsspecialist, Giz Bangladesh
Kursbeskrivning
ChIP-seq-analys är en viktig gren inom bioinformatik. Den ger oss en inblick i de mekanismer som styr cellerna i vår kropp. Oavsett om det är en hjärncell som hjälper dig att läsa den här sidan eller en immuncell som patrullerar kroppen efter sjukdomsframkallande mikroorganismer, bär de alla samma genom. Det som skiljer dem åt är vilka gener som är aktiva vid varje given tidpunkt. Detta styrs av ett komplext system av proteiner som kan aktivera och inaktivera gener. När denna reglering går ur kontroll kan det leda till cancer och andra allvarliga sjukdomar. ChIP-seq-analys gör det möjligt att förstå hur regleringsproteiner fungerar, hur de kan bidra till sjukdom och vad vi eventuellt kan göra för att hindra celler från att spåra ur. I den här kursen utforskar du ett verkligt dataset och lär dig att bearbeta och analysera ChIP-seq-data i R.
Förkunskapskrav
Kursplan
Kursöversikt
1
Introduktion till ChIP-seq
Introduktion till ChIP-seq-experiment. Varför är de intressanta? Vilka fenomen kan studeras med ChIP-seq och vad kan vi lära oss av dessa experiment?
2
Tillbaka till grunderna – förberedelse av ChIP-seq-data
Nu tar ChIP-seq-analysen fart på allvar. Det här kapitlet introducerar Bioconductor-verktyg för att importera och rensa data.
3
Jämförelse av ChIP-seq-prover
Det här kapitlet introducerar tekniker för att identifiera och visualisera skillnader mellan ChIP-seq-prover.
4
Från toppar till gener och funktion
Att kunna identifiera skillnader i bindning mellan grupper av prover är värdefullt – men vad innebär det egentligen? Det här kapitlet diskuterar strategier för att tolka resultaten och gå från toppanrop till biologiskt meningsfulla insikter.
R
ChIP-seq med Bioconductor i R
Kurs
slutförd
