After doing these courses, I feel confident creating professional visualizations and dashboards
Shoebur RahmanProcurement Specialist, Giz Bangladesh
Kursbeskrivning
Allt mer biologisk forskning – från medicin till bioteknik – rör sig mot sekvensanalys. Vi genererar nu riktade data och helgenomdata i stor skala, som behöver analyseras för att besvara biologiska frågor. För att hjälpa dig komma igång får du en introduktion till Bioconductor-projektet. Bioconductor bygger och tillhandahåller infrastruktur för att dela programvaruverktyg (paket), arbetsflöden och datamängder för analys och tolkning av genomiska data. Bioconductor är en utmärkt plattform som är tillgänglig för dig – en gemenskapsutvecklad resurs med öppen källkod. När du är klar med kursen kan du använda viktiga Bioconductor-paket och förstå dess infrastruktur och några inbyggda datamängder. Att arbeta med BSgenome, Biostrings, IRanges, GenomicRanges, TxDB, ShortRead och Rqc med verkliga datamängder från olika arter kommer att bli en enastående upplevelse!
Förkunskapskrav
Kursplan
Kursöversikt
1
Vad är Bioconductor?
I det här kapitlet får du praktisk erfarenhet av Bioconductor. Bioconductor är det specialiserade förrådet för bioinformatikprogramvara, utvecklat och underhållet av R-gemenskapen. Du lär dig att installera och använda Bioconductor-paket. Du introduceras till S4-objekt och funktioner, eftersom de flesta paket inom Bioconductor ärver från S4. Du kommer även att använda en verklig genomisk datamängd från en svamp för att utforska BSgenome-paketet.
- Introduktion till Bioconductor-projektet50 XP
- Bioconductor-version100 XP
- BiocManager för att installera paket100 XP
- S4:s roll i Bioconductor50 XP
- S4-klassdefinition50 XP
- Interaktion med klasser100 XP
- Introduktion till biologin bakom genomiska datamängder50 XP
- Utforska jästgenomet100 XP
- Dela upp jästsvampens genom100 XP
- Tillgängliga genom50 XP
2
Biostrings och när du ska använda dem
Biostrings är minneseffektiva strängbehållare. Biostrings har matchningsalgoritmer och andra verktyg för snabb hantering av stora biologiska sekvenser eller uppsättningar av sekvenser. Hur effektiv kan du bli genom att använda rätt behållare för dina sekvenser? Du lär dig om alfabet och sekvensmanipulering med hjälp av det lilla genomet hos ett virus.
3
IRanges och GenomicRanges
Paketen IRanges och GenomicRanges är också behållare för att lagra och manipulera genomiska intervall och variabler definierade längs ett genom. Dessa paket tillhandahåller infrastruktur och stöd till många andra Bioconductor-paket tack vare sina funktionsrika egenskaper. Du lär dig att använda dessa behållare och tillhörande metadata för att manipulera dina sekvenser. Datamängden du arbetar med är en speciell gen av intresse i det mänskliga genomet.
4
Introduktion till ShortRead
ShortRead är paketet för inläsning, manipulering och utvärdering av fasta- och fastq-filer. Du kan ta ut delmängder, trimma och filtrera sekvenser av intresse, och även skapa kvalitetsrapporter. Mot slutet av kapitlet får du dessutom verktyg för parallell kvalitetsbedömning – här kommer Rqc in i bilden. Du arbetar med växtgenomsekvenser, vilket gör det hela extra spännande!
R
Introduktion till Bioconductor i R
Kurs
slutförd
