After doing these courses, I feel confident creating professional visualizations and dashboards
Shoebur RahmanProcurement Specialist, Giz Bangladesh
Deskripsi Kursus
Sebagian besar riset biologi, dari kedokteran hingga bioteknologi, bergerak menuju analisis sekuens. Saat ini kita menghasilkan data besar bertarget dan genom utuh yang perlu dianalisis untuk menjawab pertanyaan biologis. Untuk membantu Anda memulai, Anda akan diperkenalkan pada proyek Bioconductor. Bioconductor membangun infrastruktur untuk berbagi perangkat lunak (paket), alur kerja, dan himpunan data untuk analisis dan pemahaman data genomik. Bioconductor adalah platform yang sangat baik dan mudah diakses, serta merupakan sumber daya perangkat lunak terbuka yang dikembangkan komunitas. Di akhir kursus ini, Anda akan dapat menggunakan paket-paket Bioconductor yang esensial dan memahami infrastrukturnya beserta beberapa himpunan data bawaan. Menggunakan BSgenome, Biostrings, IRanges, GenomicRanges, TxDB, ShortRead, dan Rqc dengan himpunan data nyata dari berbagai spesies akan menjadi pengalaman yang luar biasa!
Prasyarat
Kurikulum
Garis besar kursus
1
Apa itu Bioconductor?
Pada bab ini, Anda akan langsung mempraktikkan Bioconductor. Bioconductor adalah repositori khusus untuk perangkat lunak bioinformatika, dikembangkan dan dikelola oleh komunitas R. Anda akan mempelajari cara memasang dan menggunakan paket Bioconductor. Anda juga akan diperkenalkan pada objek dan fungsi S4, karena sebagian besar paket dalam Bioconductor mewarisi dari S4. Selain itu, Anda akan menggunakan himpunan data genomik nyata dari jamur untuk mengeksplorasi paket BSgenome.
- Pengantar Proyek Bioconductor50 XP
- Versi Bioconductor100 XP
- BiocManager untuk memasang paket100 XP
- Peran S4 dalam Bioconductor50 XP
- Definisi kelas S450 XP
- Interaksi dengan kelas100 XP
- Pengenalan biologi dari himpunan data genomik50 XP
- Menjelajahi genom ragi100 XP
- Memartisi genom ragi100 XP
- Genom yang tersedia50 XP
2
Biostrings dan Kapan Menggunakannya?
Biostrings adalah kontainer string yang efisien dalam penggunaan memori. Biostrings memiliki algoritme pencocokan dan utilitas lain untuk manipulasi cepat atas sekuens biologis berukuran besar atau sekumpulan sekuens. Seberapa efisien Anda dapat bekerja dengan menggunakan kontainer yang tepat untuk sekuens Anda? Anda akan mempelajari alfabet dan manipulasi sekuens dengan menggunakan genom kecil dari sebuah virus.
3
IRanges dan GenomicRanges
Paket IRanges dan GenomicRanges juga merupakan kontainer untuk menyimpan dan memanipulasi interval genomik serta variabel yang didefinisikan sepanjang genom. Paket-paket ini menyediakan infrastruktur dan dukungan bagi banyak paket Bioconductor lainnya karena fitur-fiturnya yang kaya. Anda akan mempelajari cara menggunakan kontainer ini dan metadata terkaitnya untuk memanipulasi sekuens Anda. Himpunan data yang akan Anda tinjau adalah sebuah gen khusus yang menjadi minat pada genom manusia.
4
Mengenal ShortRead
ShortRead adalah paket untuk input, manipulasi, dan penilaian berkas fasta dan fastq. Anda dapat melakukan subset, pemangkasan, dan penyaringan sekuens yang diminati, bahkan membuat laporan kualitas. Bonus tambahan pada latihan terakhir akan memberi Anda alat untuk penilaian kualitas paralel, kode: Rqc. Yang lebih menarik, untuk ini Anda akan menggunakan sekuens genom tumbuhan!
R
Pengantar Bioconductor di R
Kursus
Selesai
