Pengantar Bioconductor di R

Biostrings adalah kontainer string yang efisien dalam penggunaan memori. Biostrings memiliki algoritme pencocokan dan utilitas lain untuk manipulasi cepat atas sekuens biologis berukuran besar atau sekumpulan sekuens. Seberapa efisien Anda dapat bekerja dengan menggunakan kontainer yang tepat untuk sekuens Anda? Anda akan mempelajari alfabet dan manipulasi sekuens dengan menggunakan genom kecil dari sebuah virus.

Paket IRanges dan GenomicRanges juga merupakan kontainer untuk menyimpan dan memanipulasi interval genomik serta variabel yang didefinisikan sepanjang genom. Paket-paket ini menyediakan infrastruktur dan dukungan bagi banyak paket Bioconductor lainnya karena fitur-fiturnya yang kaya. Anda akan mempelajari cara menggunakan kontainer ini dan metadata terkaitnya untuk memanipulasi sekuens Anda. Himpunan data yang akan Anda tinjau adalah sebuah gen khusus yang menjadi minat pada genom manusia.

ShortRead adalah paket untuk input, manipulasi, dan penilaian berkas fasta dan fastq. Anda dapat melakukan subset, pemangkasan, dan penyaringan sekuens yang diminati, bahkan membuat laporan kualitas. Bonus tambahan pada latihan terakhir akan memberi Anda alat untuk penilaian kualitas paralel, kode: Rqc. Yang lebih menarik, untuk ini Anda akan menggunakan sekuens genom tumbuhan!