Khóa học
Giới thiệu Bioconductor trong R
Trung cấpTrình độ kỹ năng
Đã cập nhật tháng 12, 2022
RProbability & Statistics4 gio14 video54 Bài tập4,050 XP18,493Giấy chứng nhận Thành tích
Tạo Tài Khoản Miễn Phí
Tiếp tục với GoogleHiển thị thêm tùy chọnhoặc
Bằng cách tiếp tục, bạn chấp nhận Điều khoản sử dụng, Chính sách bảo mật và việc dữ liệu của bạn được lưu trữ tại Hoa Kỳ.
Được người học tại hàng ngàn công ty yêu thích
Đào tạo một đội ngũ?
Dùng thử cho Doanh nghiệpMô tả khóa học
Điều kiện tiên quyết
Introduction to RIntroduction to the Tidyverse1
Bioconductor là gì?
Trong chương này, bạn sẽ thực hành với Bioconductor. Bioconductor là kho chuyên biệt dành cho phần mềm tin sinh học, được phát triển và duy trì bởi cộng đồng R. Bạn sẽ học cách cài đặt và sử dụng các package của Bioconductor. Bạn cũng sẽ được giới thiệu về đối tượng và hàm S4, vì hầu hết các package trong Bioconductor đều kế thừa từ S4. Thêm vào đó, bạn sẽ dùng một tập dữ liệu hệ gene thực tế của một loài nấm để khám phá package BSgenome.
2
Biostrings và khi nào nên dùng?
Biostrings là các vùng chứa chuỗi tối ưu bộ nhớ. Biostrings có các thuật toán so khớp và nhiều tiện ích khác để thao tác nhanh trên các chuỗi sinh học lớn hoặc tập hợp chuỗi. Bạn có thể hiệu quả đến mức nào khi dùng đúng kiểu vùng chứa cho các chuỗi của mình? Bạn sẽ tìm hiểu về bảng chữ cái (alphabet) và cách thao tác chuỗi bằng bộ gene tí hon của một loại virus.
3
IRanges và GenomicRanges
Các package IRanges và GenomicRanges cũng là những vùng chứa để lưu trữ và thao tác các khoảng hệ gene và các biến được xác định dọc theo bộ gene. Nhờ các tính năng phong phú, chúng cung cấp hạ tầng và hỗ trợ cho nhiều package khác trong Bioconductor. Bạn sẽ học cách dùng những vùng chứa này và siêu dữ liệu đi kèm để thao tác các chuỗi của bạn. Tập dữ liệu bạn sẽ xem xét là một gene đặc biệt quan tâm trong hệ gene người.
4
Giới thiệu ShortRead
ShortRead là package để nhập, thao tác và đánh giá các tệp fasta và fastq. Bạn có thể chọn lọc, cắt tỉa và lọc các chuỗi quan tâm, và thậm chí tạo báo cáo chất lượng. Thêm một phần thú vị ở các bài tập cuối sẽ cung cấp cho bạn công cụ đánh giá chất lượng song song, gợi ý: Rqc. Hấp dẫn hơn nữa, bạn sẽ sử dụng các chuỗi hệ gene thực vật cho phần này!
Giới thiệu Bioconductor trong R
Hoàn Thành
Nhận Giấy Chứng Nhận Hoàn Thành
Thêm chứng chỉ này vào hồ sơ LinkedIn, CV hoặc sơ yếu lý lịch của banChia sẻ trên mạng xã hội và trong đánh giá hiệu suất của banĐăng ký ngay
Tham gia cùng hơn 19 triệu học viên và bắt đầu Giới thiệu Bioconductor trong R ngay hôm nay!
Tạo Tài Khoản Miễn Phí
Tiếp tục với GoogleHiển thị thêm tùy chọnhoặc
Bằng cách tiếp tục, bạn chấp nhận Điều khoản sử dụng, Chính sách bảo mật và việc dữ liệu của bạn được lưu trữ tại Hoa Kỳ.
Phát triển kỹ năng dữ liệu với DataCamp cho thiết bị di động
Tiến bộ mọi lúc mọi nơi với các khóa học cho thiết bị di động và thử thách lập trình 5 phút hằng ngày.