Name: R में Bioconductor परिचय
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कोर्स विवरण

जैविक अनुसंधान, चिकित्सा से लेकर बायोटेक तक, तेजी से सीक्वेंस एनालिसिस की ओर बढ़ रहा है। अब हम टार्गेटेड और होल जीनोम का बड़ा डेटा जनरेट कर रहे हैं, जिसे जैविक प्रश्नों के उत्तर ढूँढने के लिए विश्लेषित करना होता है। शुरुआत करने में आपकी मदद के लिए, आपको Bioconductor प्रोजेक्ट से परिचित कराया जाएगा। Bioconductor जीनोमिक डेटा के विश्लेषण और समझ के लिए सॉफ्टवेयर टूल्स (पैकेज), वर्कफ़्लो और डेटासेट साझा करने हेतु इंफ्रास्ट्रक्चर प्रदान करता है और उसे बनाता है। Bioconductor आपके लिए सुलभ एक बेहतरीन प्लेटफ़ॉर्म है और यह समुदाय द्वारा विकसित एक ओपन सॉफ्टवेयर संसाधन है। इस कोर्स के अंत तक, आप ज़रूरी Bioconductor पैकेज इस्तेमाल कर पाएँगे और इसके इंफ्रास्ट्रक्चर व कुछ बिल्ट-इन डेटासेट्स की समझ बना पाएँगे। अलग-अलग प्रजातियों के वास्तविक डेटासेट्स के साथ BSgenome, Biostrings, IRanges, GenomicRanges, TxDB, ShortRead और Rqc का उपयोग एक बेहतरीन अनुभव होगा!

पूर्वापेक्षाएँ

Introduction to R Introduction to the Tidyverse

पाठ्यक्रम

कोर्स रूपरेखा

Bioconductor क्या है?

इस चैप्टर में, आप Bioconductor के साथ हैंड्स-ऑन करेंगे। Bioconductor, R समुदाय द्वारा विकसित और मेंटेन किया गया बायोइन्फॉर्मेटिक्स सॉफ्टवेयर का विशेष रिपॉजिटरी है। आप सीखेंगे कि Bioconductor पैकेज कैसे इंस्टॉल और उपयोग करें। आपको S4 ऑब्जेक्ट्स और फंक्शंस से परिचय कराया जाएगा, क्योंकि Bioconductor के अधिकतर पैकेज S4 से इनहेरिट करते हैं। साथ ही, आप एक फंगस के वास्तविक जीनोमिक डेटासेट का उपयोग करके BSgenome पैकेज को एक्सप्लोर करेंगे।

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Biostrings और उनका उपयोग कब करें?

Biostrings मेमोरी-इफिशिएंट स्ट्रिंग कंटेनर हैं। Biostrings में मैचिंग एल्गोरिदम और अन्य यूटिलिटी होती हैं, बड़ी जैविक सीक्वेंस या सीक्वेंस के सेट को तेज़ी से मैनेज करने के लिए। सही कंटेनर चुनकर आप अपनी सीक्वेंस हैंडलिंग में कितने इफिशिएंट बन सकते हैं? आप अल्फ़ाबेट्स और सीक्वेंस मैनिपुलेशन के बारे में सीखेंगे, एक वायरस के छोटे जीनोम का उपयोग करते हुए।

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IRanges और GenomicRanges

IRanges और GenomicRanges पैकेज भी जीनोमिक इंटरवल्स और जीनोम के साथ परिभाषित वैरिएबल्स को स्टोर और मैनिपुलेट करने के कंटेनर हैं। इन पैकेजों की समृद्ध क्षमताओं के कारण वे कई अन्य Bioconductor पैकेजों को इंफ्रास्ट्रक्चर और सपोर्ट प्रदान करते हैं। आप सीखेंगे कि इन कंटेनरों और उनसे जुड़ी मेटाडेटा का उपयोग अपनी सीक्वेंस के मैनिपुलेशन के लिए कैसे करें। जिस डेटासेट को आप देखेंगे, वह मानव जीनोम में एक विशेष रुचिकर जीन है।

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ShortRead का परिचय

ShortRead, fasta और fastq फाइलों के इनपुट, मैनिपुलेशन और असेसमेंट का पैकेज है। आप इच्छित सीक्वेंस को सबसेट, ट्रिम और फ़िल्टर कर सकते हैं, और क्वालिटी की रिपोर्ट भी बना सकते हैं। आख़िरी अभ्यासों में एक अतिरिक्त बोनस के रूप में आपको पैरलल क्वालिटी असेसमेंट के टूल्स मिलेंगे — जी हाँ, Rqc। और मज़ेदार बात यह है कि इसके लिए आप पादप (प्लांट) जीनोम सीक्वेंस का उपयोग करेंगे!