Build your ultimate AI agent
Descrierea cursului
Tehnologiile genomice funcționale, cum ar fi microarray-urile, secvențierea și spectrometria de masă, le permit oamenilor de știință să obțină măsurători obiective ale nivelurilor de expresie genică la scară genomică. Fie că generezi propriile date sau dorești să explorezi numeroasele seturi de date disponibile public, va trebui mai întâi să înveți cum să analizezi aceste tipuri de experimente. În acest curs, vei învăța să folosești pachetul versatil R/Bioconductor limma pentru a efectua o analiză a expresiei diferențiale pe cele mai comune designuri experimentale. În plus, vei învăța cum să preprocesezi datele, să identifici și să corectezi efectele de lot, să evaluezi vizual rezultatele și să realizezi teste de îmbogățire. După finalizarea acestui curs, vei dispune de strategii generale de analiză pentru a extrage informații din orice studiu de genomică funcțională.
Cerințe prealabile
Curriculum
Structura cursului
1
Analiza expresiei diferențiale
Pentru început, vei recapitula obiectivele analizei expresiei diferențiale, vei gestiona date de expresie genică folosind R și Bioconductor și vei rula prima ta analiză a expresiei diferențiale cu limma.
- Analiza expresiei diferențiale50 XP
- Aplicații ale analizei de expresie diferențială50 XP
- Date de expresie diferențială50 XP
- Creează un boxplot100 XP
- Clasa ExpressionSet50 XP
- Creează un obiect ExpressionSet100 XP
- Creează un boxplot cu un obiect ExpressionSet100 XP
- Pachetul limma50 XP
- Specifică un model liniar pentru a compara 2 grupuri100 XP
- Testează expresia diferențială dintre 2 grupuri100 XP
2
Modele flexibile pentru designuri de studiu frecvente
În acest capitol, vei învăța cum să construiești modele liniare pentru a testa expresia diferențială în cazul unor designuri experimentale frecvente.
3
Pre- și post-procesare
Acum că ai învățat cum să efectuezi teste de expresie diferențială, vei descoperi în continuare cum să normalizezi și să filtrezi datele despre caracteristici, să verifici efectele tehnice de lot și să evaluezi rezultatele.
4
Studiu de caz: Efectul tratamentului cu doxorubicină
În acest capitol final, vei folosi noile abilități dobândite pentru a realiza o analiză completă a expresiei diferențiale a unui studiu cu design factorial, care evaluează impactul medicamentului anticanceros doxorubicină asupra inimilor unor șoareci cu fonduri genetice diferite.
R
Analiza expresiei diferențiale cu limma în R
Curs
finalizat
