After doing these courses, I feel confident creating professional visualizations and dashboards
Shoebur RahmanProcurement Specialist, Giz Bangladesh
코스 설명
마이크로어레이, 시퀀싱, 질량분석과 같은 기능유전체학 기술은 과학자들이 전장 유전체 수준에서 유전자 발현을 편향 없이 측정할 수 있게 해줍니다. 직접 데이터를 생성하든, 공개된 대규모 데이터 세트를 탐색하든, 먼저 이러한 실험을 분석하는 방법을 익혀야 합니다. 이 강의에서는 다재다능한 R/Bioconductor 패키지인 limma를 사용해 가장 일반적인 실험 설계에서 차등 발현 분석을 수행하는 방법을 배웁니다. 또한 데이터를 전처리하고, 배치 효과를 식별하고 보정하며, 결과를 시각적으로 평가하고, enrichment 테스트를 수행하는 방법도 학습합니다. 이 강의를 마치면 어떤 기능유전체학 연구에서도 통찰을 얻을 수 있는 일반적인 분석 전략을 갖추게 됩니다.
사전 요구 사항
커리큘럼
코스 개요
1
차등 발현 분석
먼저 차등 발현 분석의 목표를 살펴보고, R과 Bioconductor로 유전자 발현 데이터를 관리하며, limma로 첫 차등 발현 분석을 실행해 봅니다.
2
일반적 연구 설계를 위한 유연한 모델
이 장에서는 일반적인 실험 설계에서 차등 발현을 검정하기 위한 선형 모델을 구성하는 방법을 배웁니다.
3
전처리와 후처리
차등 발현 검정을 학습하셨다면, 이제 특징(feature) 데이터를 정규화하고 필터링하는 방법, 기술적 배치 효과를 점검하는 방법, 그리고 결과를 평가하는 방법을 배웁니다.
4
사례 연구: 독소루비신 처치의 효과
마지막 장에서는 요인 설계를 사용해 항암제 독소루비신이 서로 다른 유전적 배경을 가진 생쥐의 심장에 미치는 영향을 평가한 연구를 대상으로, 시작부터 끝까지 차등 발현 분석을 수행해 봅니다.
R
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
코스
완료
