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Corso

Analisi dell'espressione differenziale con limma in R

AvanzatoLivello di competenza
Aggiornato 08/2024
Impara a usare il pacchetto Bioconductor limma per l'analisi dell'espressione genica differenziale.
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Descrizione del corso

Le tecnologie di genomica funzionale come microarray, sequenziamento e spettrometria di massa permettono agli scienziati di ottenere misurazioni non selettive dei livelli di espressione genica su scala dell'intero genoma. Che tu stia generando i tuoi dati o voglia esplorare il grande numero di insiemi di dati pubblici disponibili, dovrai prima imparare ad analizzare questo tipo di esperimenti. In questo corso imparerai a usare il versatile pacchetto R/Bioconductor limma per eseguire un'analisi di espressione differenziale nei disegni sperimentali più comuni. Inoltre, imparerai a pre-processare i dati, individuare e correggere gli effetti di batch, valutare visivamente i risultati ed eseguire test di arricchimento. Al termine del corso, avrai strategie di analisi generali per ricavare insight da qualsiasi studio di genomica funzionale.

Prerequisiti

Introduction to Statistics in R
1

Differential Expression Analysis

To begin, you'll review the goals of differential expression analysis, manage gene expression data using R and Bioconductor, and run your first differential expression analysis with limma.
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2

Flexible Models for Common Study Designs

3

Pre- and post-processing

4

Case Study: Effect of Doxorubicin Treatment

In this final chapter, you'll use your new skills to perform an end-to-end differential expression analysis of a study that uses a factorial design to assess the impact of the cancer drug doxorubicin on the hearts of mice with different genetic backgrounds.
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Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
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