After doing these courses, I feel confident creating professional visualizations and dashboards
Shoebur RahmanProcurement Specialist, Giz Bangladesh
Deskripsi Kursus
Teknologi genomik fungsional seperti mikroarray, sekuensing, dan spektrometri massa memungkinkan ilmuwan mengumpulkan pengukuran tingkat ekspresi gen secara tidak bias dalam skala genom. Baik Anda menghasilkan data sendiri maupun ingin mengeksplorasi banyak himpunan data yang tersedia untuk umum, Anda terlebih dahulu perlu mempelajari cara menganalisis jenis eksperimen ini. Dalam kursus ini, Anda akan diajarkan cara menggunakan paket R/Bioconductor yang serbaguna, limma, untuk melakukan analisis ekspresi diferensial pada rancangan eksperimen yang paling umum. Selain itu, Anda akan mempelajari cara praproses data, mengidentifikasi dan mengoreksi efek batch, menilai hasil secara visual, serta melakukan pengujian pengayaan. Setelah menyelesaikan kursus ini, Anda akan memiliki strategi analisis umum untuk memperoleh wawasan dari studi genomik fungsional apa pun.
Prasyarat
Kurikulum
Garis besar kursus
1
Analisis Ekspresi Diferensial
Sebagai awal, Anda akan meninjau tujuan analisis ekspresi diferensial, mengelola data ekspresi gen menggunakan R dan Bioconductor, serta menjalankan analisis ekspresi diferensial pertama Anda dengan limma.
- Analisis perbedaan ekspresi50 XP
- Aplikasi analisis ekspresi diferensial50 XP
- Data ekspresi diferensial50 XP
- Buat boxplot100 XP
- Kelas ExpressionSet50 XP
- Buat objek ExpressionSet100 XP
- Buat boxplot dengan objek ExpressionSet100 XP
- Paket limma50 XP
- Menentukan model linear untuk membandingkan 2 grup100 XP
- Uji perbedaan ekspresi antara 2 kelompok100 XP
2
Model Fleksibel untuk Rancangan Studi Umum
Pada bab ini, Anda akan mempelajari cara membangun model linear untuk menguji ekspresi diferensial pada rancangan eksperimen yang umum.
3
Pra-pemrosesan dan pascapemrosesan
Setelah mempelajari cara melakukan pengujian ekspresi diferensial, selanjutnya Anda akan mempelajari cara menormalkan dan menyaring fitur data, memeriksa efek batch teknis, serta menilai hasilnya.
4
Studi Kasus: Dampak Perlakuan Doxorubicin
Pada bab terakhir ini, Anda akan menggunakan keterampilan baru Anda untuk melakukan analisis ekspresi diferensial menyeluruh pada sebuah studi dengan rancangan faktorial guna menilai dampak obat kanker doxorubicin pada jantung tikus dengan latar belakang genetik yang berbeda.
R
Analisis Ekspresi Diferensial dengan limma di R
Kursus
Selesai
