After doing these courses, I feel confident creating professional visualizations and dashboards
Shoebur RahmanProcurement Specialist, Giz Bangladesh
Cursusbeschrijving
Functionele genomische technologieën zoals microarrays, sequencing en massaspectrometrie stellen wetenschappers in staat om onbevooroordeelde metingen van genexpressieniveaus op genomische schaal te verzamelen. Of je nu je eigen data genereert of de vele openbaar beschikbare gegevenssets wilt verkennen, je moet eerst leren hoe je dit soort experimenten analyseert. In deze cursus leer je hoe je het veelzijdige R/Bioconductor-pakket limma gebruikt om een differentiële-expressieanalyse uit te voeren voor de meest voorkomende experimentele ontwerpen. Daarnaast leer je hoe je de data voorbewerkt, batch-effecten identificeert en corrigeert, de resultaten visueel beoordeelt en verrijkingstesten uitvoert. Na het afronden van deze cursus heb je algemene analysetrategieën om uit elke functionele genomics-studie inzichten te halen.
Vereisten
Curriculum
Cursusoverzicht
1
Differentiële-expressieanalyse
Om te beginnen herhaal je de doelen van differentiële-expressieanalyse, beheer je genexpressiedata met R en Bioconductor, en voer je je eerste differentiële-expressieanalyse uit met limma.
- Differentiële expressie-analyse50 XP
- Toepassingen van differentiële expressieanalyse50 XP
- Differentiële-expressiegegevens50 XP
- Maak een boxplot100 XP
- De klasse ExpressionSet50 XP
- Maak een ExpressionSet-object100 XP
- Maak een boxplot met een ExpressionSet-object100 XP
- Het limma-pakket50 XP
- Specificeer een lineair model om 2 groepen te vergelijken100 XP
- Test op differentiële expressie tussen 2 groepen100 XP
2
Flexibele modellen voor veelvoorkomende studiedesigns
In dit hoofdstuk leer je hoe je lineaire modellen opstelt om te testen op differentiële expressie voor veelvoorkomende experimentele ontwerpen.
3
Pre- en post-processing
Nu je hebt geleerd hoe je differentiële-expressietesten uitvoert, leer je vervolgens hoe je de kenmerken (features) normaliseert en filtert, controleert op technische batch-effecten en de resultaten beoordeelt.
4
Casestudy: effect van doxorubicinebehandeling
In dit laatste hoofdstuk gebruik je je nieuwe vaardigheden om een end-to-end differentiële-expressieanalyse uit te voeren van een studie met een factoriëel design, om de impact te bepalen van het kankermedicijn doxorubicine op de harten van muizen met verschillende genetische achtergronden.
R
Differentiële-expressieanalyse met limma in R
Cursus
voltooid
