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कोर्स विवरण
माइक्रोएरे, सीक्वेंसिंग, और मास स्पेक्ट्रोमेट्री जैसी फंक्शनल जीनोमिक तकनीकें वैज्ञानिकों को जीन एक्सप्रेशन स्तरों के निष्पक्ष माप पूरे जीनोम स्तर पर इकट्ठा करने में सक्षम बनाती हैं। चाहे आप अपना डेटा जनरेट कर रहे हों या सार्वजनिक रूप से उपलब्ध बड़ी संख्या में डेटासेट्स को एक्सप्लोर करना चाहते हों, सबसे पहले आपको ऐसे प्रयोगों का विश्लेषण करना सीखना होगा। इस कोर्स में, आप सीखेंगे कि सबसे आम प्रायोगिक डिज़ाइनों पर Differential Expression Analysis करने के लिए बहुमुखी R/Bioconductor पैकेज limma का उपयोग कैसे करें। इसके अलावा, आप यह भी सीखेंगे कि डेटा को प्री-प्रोसेस कैसे करें, बैच इफेक्ट्स की पहचान और सुधार कैसे करें, परिणामों का विज़ुअल आकलन कैसे करें, और एनरिचमेंट टेस्टिंग कैसे करें। कोर्स पूरा करने के बाद, आपके पास किसी भी फंक्शनल जीनोमिक्स स्टडी से इनसाइट पाने के लिए सामान्य विश्लेषण रणनीतियाँ होंगी।
पूर्वापेक्षाएँ
पाठ्यक्रम
कोर्स रूपरेखा
1
Differential Expression Analysis
शुरुआत में, आप Differential Expression Analysis के लक्ष्यों की समीक्षा करेंगे, R और Bioconductor का उपयोग करके जीन एक्सप्रेशन डेटा को मैनेज करेंगे, और limma के साथ अपना पहला Differential Expression Analysis चलाएँगे।
- Differential expression analysis50 XP
- डिफरेंशियल एक्सप्रेशन एनालिसिस के उपयोग50 XP
- डिफरेंशियल एक्सप्रेशन डेटा50 XP
- एक बॉक्सप्लॉट बनाएँ100 XP
- ExpressionSet क्लास50 XP
- ExpressionSet ऑब्जेक्ट बनाएँ100 XP
- ExpressionSet ऑब्जेक्ट के साथ एक बॉक्सप्लॉट बनाएँ100 XP
- limma पैकेज50 XP
- 2 समूहों की तुलना के लिए एक linear मॉडल निर्दिष्ट करें100 XP
- 2 समूहों के बीच डिफरेन्शियल एक्सप्रेशन की जाँच करें100 XP
2
सामान्य स्टडी डिज़ाइनों के लिए लचीले मॉडल
इस अध्याय में, आप सामान्य प्रायोगिक डिज़ाइनों के लिए Differential Expression को जाँचने हेतु लीनियर मॉडल बनाना सीखेंगे।
3
प्री- और पोस्ट-प्रोसेसिंग
अब जब आपने Differential Expression टेस्ट करना सीख लिया है, तो अगला कदम होगा फीचर डेटा को नॉर्मलाइज़ और फ़िल्टर करना, तकनीकी बैच इफेक्ट्स की जाँच करना, और परिणामों का आकलन करना।
4
केस स्टडी: Doxorubicin उपचार का प्रभाव
इस अंतिम अध्याय में, आप अपनी नई स्किल्स का उपयोग करके एक एंड-टू-एंड Differential Expression Analysis करेंगे, जिसमें फ़ैक्टोरियल डिज़ाइन का उपयोग कर अलग-अलग जेनेटिक बैकग्राउंड वाले चूहों के दिलों पर कैंसर दवा doxorubicin के प्रभाव का आकलन किया गया है।
R
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
कोर्स
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