R-packages: installeren, laden en beheren

packageDescription("stats")
help(package = "stats")

install.packages("vioplot")

Installing package into '/home/username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.6'
(as 'lib' is unspecified)
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/vioplot_0.4.0.tar.gz'
...
* DONE (vioplot)

install.packages(c("vioplot", "MASS"))

install.packages("vioplot", repos = "https://lib.ugent.be/CRAN")

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

Packages installeren via devtools

Zoals je hierboven las, heeft elke repository z’n eigen manier van installeren. Als je regelmatig packages uit verschillende bronnen gebruikt, kan dat wat frustreren. Een efficiëntere manier is het devtools-package, dat specifieke functies bevat voor elke repository, inclusief CRAN.

Je installeert devtools zoals gewoonlijk met install.packages("devtools"), maar mogelijk moet je ook Rtools op Windows, Xcode command line tools op Mac, of r-base-dev en r-devel op Linux installeren.

Nadat devtools is geïnstalleerd, kun je de hulpfuncties gebruiken om andere packages te installeren. De opties zijn:

• install_bioc() vanaf Bioconductor,

• install_bitbucket() vanaf Bitbucket,

• install_cran() vanaf CRAN,

• install_git() vanaf een git-repository,

• install_github() vanaf GitHub,

• install_local() vanaf een lokaal bestand,

• install_svn() vanaf een SVN-repository,

• install_url() vanaf een URL, en

• install_version() vanaf een specifieke versie van een CRAN-package.

Om bijvoorbeeld het babynames-package vanuit de GitHub-repo te installeren, gebruik je:

devtools::install_github("hadley/babynames")

R-packages updaten, verwijderen en controleren

Als je meer met R werkt, gebruik je install.packages() misschien meerdere keren per week of zelfs per dag, en gezien het tempo waarin R-packages worden ontwikkeld, zul je vroeg of laat je favoriete packages moeten updaten of vervangen. In deze sectie vind je functies om je verzameling te beheren.

• Om te zien welke packages op je computer zijn geïnstalleerd, gebruik je:

installed.packages()

• Een package verwijderen gaat eenvoudig met remove.packages():

remove.packages("vioplot")

• Controleren welke packages een update nodig hebben:

old.packages()

• Alle packages updaten:

update.packages()

• Een specifiek package updaten door het opnieuw te installeren:

install.packages("vioplot")

Packages beheren met renv

Voor afhankelijkheidsbeheer op projectniveau maakt het renv-package (onderhouden door Posit) geïsoleerde, reproduceerbare package-omgevingen—vergelijkbaar met de virtual environments van Python.

install.packages("renv")

# Initialize renv in your project
renv::init()

# Take a snapshot of current packages
renv::snapshot()

# Restore packages from the lockfile
renv::restore()

renv legt exacte packageversies vast in een renv.lock-bestand, zodat samenwerkers je omgeving kunnen reproduceren met renv::restore(). Dit is vooral handig voor teams en langlopende projecten.

Gebruikersinterfaces om R-packages te installeren

Als je liever een grafische interface gebruikt, bevatten zowel RStudio als RGui hulpmiddelen voor packagebeheer. In RStudio (nu ontwikkeld door Posit) ga je naar Tools → Install Packages en typ je de packagenaam in het dialoogvenster. Voor een volledige rondleiding door RStudio, zie onze RStudio-tutorial.

In de RGui vind je de opties onder het menu Packages.

Hoe laad je packages

Nadat een package is geïnstalleerd, kun je het gebruiken. Als je slechts sporadisch een paar functies of data uit een package nodig hebt, kun je ze benaderen met de notatie packagename::functionname(). Omdat je het babynames-package hebt geïnstalleerd, kun je bijvoorbeeld een van de datasets verkennen.

Gebruik help(package = "babynames") om te zien welke functies en data het package bevat.

Om de births-dataset uit het babynames-package te benaderen, typ je:

babynames::births

## # A tibble: 6 x 2
##    year  births
##   <int>   <int>
## 1  2009 4130665
## 2  2010 3999386
## 3  2011 3953590
## 4  2012 3952841
## 5  2013 3932181
## 6  2014 3988076

Ga je het package intensiever gebruiken, dan is het de moeite om het in het geheugen te laden. De eenvoudigste manier is met library().

Let op: de input van install.packages() is een character vector en vereist aanhalingstekens, terwijl library() zowel een character als een naam accepteert en je dus zonder aanhalingstekens kunt schrijven.

Daarna heb je de notatie package::function() niet meer nodig en kun je functies en data rechtstreeks benaderen zoals bij base R:

births

## # A tibble: 6 x 2
##    year  births
##   <int>   <int>
## 1  2009 4130665
## 2  2010 3999386
## 3  2011 3953590
## 4  2012 3952841
## 5  2013 3932181
## 6  2014 3988076

Je hebt misschien gehoord van de functie require(): je kunt hiermee ook een package laden, maar het verschil is dat er geen error wordt gegooid als het package niet is geïnstalleerd.

Gebruik deze functie dus met beleid!

Lees meer over library() vs require() in Yihui Xie’s blogpost. Wil je R-vaardigheden, inclusief packagebeheer, opbouwen, bekijk dan onze gids om R te leren.

Wat is het verschil tussen een package en een library?

In de context van de functie library() is er soms verwarring tussen een package en een library, en noemen mensen packages wel eens “libraries”.

Raak niet in de war: library() is het commando om een package te laden, en verwijst naar de plek waar het package staat, meestal een map op je computer; een package is de verzameling functies, handig gebundeld.

Een citaat van Hadley Wickham, Chief Scientist bij Posit (voorheen RStudio) en docent van de Writing Functions in R-cursus op DataCamp, vat het mooi samen:

@ijlyttle a package is like a book, a library is like a library; you use library() to check a package out of the library #rsats

— Hadley Wickham (@hadleywickham) December 8, 2014

Een andere handige manier om dit verschil te zien is library() zonder argumenten te draaien. Je krijgt dan de lijst met packages die in verschillende libraries op je computer zijn geïnstalleerd:

library()

Meerdere R-packages tegelijk laden

In tegenstelling tot install.packages() laadt library() maar één package per aanroep. Een veelgebruikte workaround is lapply():

packages <- c("dplyr", "ggplot2", "tidyr")
lapply(packages, library, character.only = TRUE)

Je kunt ook het pacman-package gebruiken, dat ontbrekende packages installeert en ze in één stap laadt met p_load().

Hoe ontlaad je een R-package

Om een package te ontladen, gebruik je de functie detach(). Het gebruik is:

detach("package:babynames", unload = TRUE)

Alternatieve bronnen van documentatie en hulp

Zoals je hierboven las, bevat het DESCRIPTION-bestand basisinformatie over een package. Dat is nuttig, maar helpt je nog niet bij het toepassen in je analyse. Daarvoor heb je nog twee bronnen nodig: helpbestanden en vignettes.

help(vioplot, package = "vioplot")

library(babynames)
ls("package:babynames")

## [1] "applicants" "babynames"  "births"     "lifetables"

vignette(package = "ggplot2")

vignette("ggplot2-specs")