Hướng dẫn R Packages: Cài đặt, Nạp và Quản lý Gói R

packageDescription("stats")
help(package = "stats")

install.packages("vioplot")

Installing package into '/home/username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.6'
(as 'lib' is unspecified)
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/vioplot_0.4.0.tar.gz'
...
* DONE (vioplot)

install.packages(c("vioplot", "MASS"))

install.packages("vioplot", repos = "https://lib.ugent.be/CRAN")

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

Cài gói qua devtools

Như bạn đã đọc ở trên, mỗi kho có cách cài gói riêng, nên nếu bạn thường xuyên dùng gói từ nhiều nguồn khác nhau, hành vi này có thể hơi bất tiện. Một cách hiệu quả hơn là dùng gói devtools để đơn giản hóa quy trình vì nó có các hàm riêng cho từng kho, bao gồm cả CRAN.

Bạn có thể cài devtools như thường lệ với install.packages("devtools"), nhưng bạn cũng có thể cần cài Rtools trên Windows, công cụ dòng lệnh Xcode trên Mac, hoặc r-base-dev và r-devel trên Linux.

Sau khi cài devtools, bạn sẽ có thể dùng các hàm tiện ích để cài các gói khác. Các lựa chọn gồm:

• install_bioc() từ Bioconductor,

• install_bitbucket() từ Bitbucket,

• install_cran() từ CRAN,

• install_git() từ một kho git,

• install_github() từ GitHub,

• install_local() từ tệp cục bộ,

• install_svn() từ một kho SVN,

• install_url() từ một URL, và

• install_version() từ một phiên bản cụ thể của gói CRAN.

Ví dụ, để cài gói babynames từ kho GitHub của nó, bạn có thể dùng:

devtools::install_github("hadley/babynames")

Cách cập nhật, gỡ và kiểm tra các gói R đã cài

Khi bạn dùng R nhiều hơn, việc bạn dùng install.packages() vài lần mỗi tuần hoặc thậm chí mỗi ngày là bình thường, và với tốc độ phát triển gói R nhanh như hiện nay, rất có thể sớm muộn bạn sẽ cần cập nhật hoặc thay thế các gói yêu thích. Phần này liệt kê một số hàm giúp bạn quản lý bộ sưu tập gói.

• Để kiểm tra những gói nào đã được cài trên máy, bạn có thể dùng:

installed.packages()

• Gỡ cài đặt một gói rất đơn giản với hàm remove.packages(), trong trường hợp này:

remove.packages("vioplot")

• Kiểm tra những gói nào cần cập nhật:

old.packages()

• Cập nhật tất cả các gói:

update.packages()

• Cập nhật một gói cụ thể bằng cách cài lại nó:

install.packages("vioplot")

Quản lý gói với renv

Để quản lý phụ thuộc theo từng dự án, gói renv (duy trì bởi Posit) tạo các môi trường gói cách ly, có thể tái lập—tương tự môi trường ảo của Python.

install.packages("renv")

# Initialize renv in your project
renv::init()

# Take a snapshot of current packages
renv::snapshot()

# Restore packages from the lockfile
renv::restore()

renv ghi lại chính xác phiên bản gói trong tệp renv.lock, vì vậy cộng tác viên có thể tái tạo môi trường của bạn với renv::restore(). Điều này đặc biệt hữu ích cho làm việc nhóm và các dự án dài hạn.

Giao diện người dùng để cài gói R

Nếu bạn thích giao diện đồ họa, cả RStudio và RGui đều có công cụ quản lý gói. Trong RStudio (hiện do Posit phát triển), vào Tools → Install Packages và nhập tên gói trong hộp thoại. Để xem hướng dẫn chi tiết về RStudio, hãy xem hướng dẫn RStudio của chúng tôi.

Còn trong RGui, bạn sẽ tìm thấy các tiện ích dưới menu Packages.

Cách nạp gói

Sau khi gói được cài, bạn đã sẵn sàng dùng các chức năng của nó. Nếu bạn chỉ cần thỉnh thoảng dùng một vài hàm hoặc dữ liệu trong gói, bạn có thể truy cập bằng ký pháp packagename::functionname(). Ví dụ, vì bạn đã cài gói babynames, bạn có thể khám phá một trong các tập dữ liệu của nó.

Để xem gói chứa những hàm và dữ liệu gì, dùng help(package = "babynames").

Để truy cập tập dữ liệu births trong gói babynames, bạn chỉ cần gõ:

babynames::births

## # A tibble: 6 x 2
##    year  births
##   <int>   <int>
## 1  2009 4130665
## 2  2010 3999386
## 3  2011 3953590
## 4  2012 3952841
## 5  2013 3932181
## 6  2014 3988076

Nếu bạn sẽ dùng gói nhiều hơn, có lẽ nên nạp nó vào bộ nhớ. Cách đơn giản nhất là dùng lệnh library().

Lưu ý rằng đầu vào của install.packages() là một vector ký tự và yêu cầu tên đặt trong dấu ngoặc kép, trong khi library() chấp nhận ký tự hoặc tên và cho phép bạn viết tên gói không cần ngoặc kép.

Sau đó, bạn không còn cần ký pháp package::function() nữa, và có thể truy cập trực tiếp các chức năng của nó như các hàm hoặc dữ liệu base R khác:

births

## # A tibble: 6 x 2
##    year  births
##   <int>   <int>
## 1  2009 4130665
## 2  2010 3999386
## 3  2011 3953590
## 4  2012 3952841
## 5  2013 3932181
## 6  2014 3988076

Bạn có thể đã nghe về hàm require(): đúng là có thể nạp gói với hàm này, nhưng điểm khác là nó sẽ không ném lỗi nếu gói chưa được cài.

Vì vậy hãy dùng hàm này cẩn trọng!

Bạn có thể đọc thêm về library() so với require() trong bài viết của Yihui Xie về chủ đề này. Để học các nền tảng R, bao gồm quản lý gói, xem hướng dẫn học R của chúng tôi.

Sự khác nhau giữa Package và Library là gì?

Nói về hàm library(), đôi khi có sự nhầm lẫn giữa package và library, và bạn có thể thấy nhiều người gọi “libraries” thay cho packages.

Xin đừng nhầm lẫn: library() là lệnh dùng để nạp một package, và nó ám chỉ nơi chứa package, thường là một thư mục trên máy tính của bạn, trong khi package là tập hợp các hàm được đóng gói tiện lợi.

Một trích dẫn từ Hadley Wickham, Chief Scientist tại Posit (trước đây là RStudio), và giảng viên khóa Writing Functions in R trên DataCamp, diễn đạt rất hay:

@ijlyttle a package is like a book, a library is like a library; you use library() to check a package out of the library #rsats

— Hadley Wickham (@hadleywickham) December 8, 2014

Một cách nhắc lại hữu ích khác về sự khác nhau này là chạy hàm library() không kèm đối số. Nó sẽ cung cấp danh sách các gói được cài trong các thư viện khác nhau trên máy bạn:

library()

Cách nạp nhiều gói R cùng lúc

Khác với install.packages(), library() chỉ nạp một gói mỗi lần gọi. Một cách xử lý phổ biến là lapply():

packages <- c("dplyr", "ggplot2", "tidyr")
lapply(packages, library, character.only = TRUE)

Bạn cũng có thể dùng gói pacman, gói này sẽ cài các gói còn thiếu và nạp chúng trong một bước với p_load().

Cách dỡ nạp một gói R

Để dỡ nạp một gói nhất định, bạn có thể dùng hàm detach(). Cách dùng sẽ là:

detach("package:babynames", unload = TRUE)

Nguồn tài liệu và trợ giúp thay thế

Như bạn đã đọc ở các phần trên, tệp DESCRIPTION chứa thông tin cơ bản về gói, và dù thông tin đó rất hữu ích, nó sẽ không giúp bạn sử dụng gói cho phân tích của mình. Khi đó bạn sẽ cần hai nguồn tài liệu nữa: tệp trợ giúp (help files) và vignettes.

help(vioplot, package = "vioplot")

library(babynames)
ls("package:babynames")

## [1] "applicants" "babynames"  "births"     "lifetables"

vignette(package = "ggplot2")

vignette("ggplot2-specs")