Build your ultimate AI agent
Descrierea cursului
Analiza ChIP-seq este o ramură importantă a bioinformaticii. Ea oferă o fereastră către mecanismele care fac celulele din corpul nostru să funcționeze. Fie că este vorba despre o celulă cerebrală care te ajută să citești această pagină sau despre o celulă imunitară care patrulează corpul în căutarea microorganismelor dăunătoare, toate poartă același genom. Ceea ce le diferențiază sunt genele active la un moment dat. Genele active sunt determinate de un sistem complex de proteine care pot activa și dezactiva gene. Când acest mecanism de reglare scapă de sub control, poate duce la cancer și alte boli grave. Analiza ChIP-seq ne permite să înțelegem funcția proteinelor de reglare, modul în care acestea pot contribui la apariția bolilor și ne oferă perspective asupra posibilelor intervenții pentru a preveni pierderea controlului celular. În acest curs, vei explora un set de date real, învățând cum să procesezi și să analizezi date ChIP-seq în R.
Cerințe prealabile
Curriculum
Structura cursului
1
Introducere în ChIP-seq
Introducere în experimentele ChIP-seq. De ce sunt interesante? Ce fenomene pot fi studiate prin ChIP-seq și ce putem învăța din aceste experimente.
2
Înapoi la Baze – Pregătirea datelor ChIP-seq
Aici începe propriu-zis analiza ChIP-seq. Acest capitol prezintă instrumentele Bioconductor pentru importul și curățarea datelor.
3
Compararea eșantioanelor ChIP-seq
Acest capitol introduce tehnici pentru identificarea și vizualizarea diferențelor dintre eșantioanele ChIP-seq.
4
De la Vârfuri la Gene și Funcție
Capacitatea de a identifica legarea diferențială între grupuri de eșantioane este valoroasă, dar ce înseamnă în practică? Acest capitol discută strategii pentru interpretarea rezultatelor de legare diferențială, mergând de la identificarea vârfurilor până la obținerea unor concluzii biologice semnificative.
R
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Curs
finalizat
