R es un programa que se ejecuta desde la línea de comandos. El usuario introduce los comandos en el prompt ( > por defecto ) y cada comando se ejecuta de uno en uno.
Ha habido varios intentos de crear una interfaz más gráfica, desde editores de código que interactúan con R, hasta interfaces gráficas de usuario completas que presentan al usuario menús y cuadros de diálogo.
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RStudio es mi ejemplo favorito de editor de código que interactúa con R para plataformas Windows, MacOS y Linux.
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Quizá la interfaz gráfica de usuario más estable y completa sea R Commander, que también puede ejecutarse en Windows, Linux y MacOS (consulta la documentación para conocer los requisitos técnicos).
Ambos programas pueden facilitar mucho el uso de R.