Puedes ejecutar R de forma no interactiva con la entrada de infile y enviar la salida (stdout/stderr) a otro archivo. He aquí algunos ejemplos.
# on Linux
R CMD BATCH [options] my_script.R [outfile]
# on Microsoft Windows (adjust the path to R.exe as needed)
"C:\Program Files\R\R-2.13.1\bin\R.exe" CMD BATCH
--vanilla --slave "c:\my projects\my_script.R"
Asegúrate de consultar la sección sobre E/S para obtener ayuda sobre cómo escribir guiones en R.
Consulta la Introducción a R (Apéndice B) para obtener información sobre las opciones de la línea de comandos.