After doing these courses, I feel confident creating professional visualizations and dashboards
Shoebur RahmanProcurement Specialist, Giz Bangladesh
Опис курсу
Функціональні геномні технології, як-от мікрочипи, секвенування та мас-спектрометрія, дають змогу отримувати неупереджені вимірювання рівнів експресії генів у масштабах усього геному. Незалежно від того, чи ви генеруєте власні дані, чи досліджуєте численні публічні набори даних, спершу потрібно навчитися аналізувати такі експерименти. У цьому курсі ви опanuєте універсальний пакет R/Bioconductor limma, щоб виконувати аналіз диференційної експресії для найпоширеніших експериментальних дизайнів. Крім того, ви навчитеся попередньо обробляти дані, виявляти й коригувати пакетні ефекти (batch effects), візуально оцінювати результати та проводити тести на збагачення. Після завершення курсу ви матимете загальні стратегії аналізу, які допоможуть отримувати інсайти з будь-якого дослідження з функціональної геноміки.
Попередні вимоги
Навчальний план
Зміст курсу
1
Аналіз диференційної експресії
Спочатку ви згадаєте цілі аналізу диференційної експресії, навчитеся працювати з даними експресії генів у R та Bioconductor і запустите свій перший аналіз диференційної експресії з limma.
- Аналіз диференційної експресії50 XP
- Застосування аналізу диференційної експресії50 XP
- Дані диференційної експресії50 XP
- Створіть діаграму boxplot100 XP
- Клас ExpressionSet50 XP
- Створіть обʼєкт ExpressionSet100 XP
- Створіть boxplot за допомогою об'єкта ExpressionSet100 XP
- Пакет limma50 XP
- Задайте лінійну модель для порівняння 2 груп100 XP
- Перевірка диференційної експресії між 2 групами100 XP
2
Гнучкі моделі для типових дизайнів досліджень
У цьому розділі ви дізнаєтеся, як будувати лінійні моделі для перевірки диференційної експресії в типових експериментальних дизайнах.
3
Попередня та підсумкова обробка
Тепер, коли ви вмієте виконувати тести на диференційну експресію, ви навчитеся нормалізувати й фільтрувати ознаки, перевіряти технічні пакетні ефекти та оцінювати результати.
4
Кейс: вплив доксорубіцину
У фінальному розділі ви застосуєте набуті навички, щоб виконати наскрізний аналіз диференційної експресії для дослідження з факторіальним дизайном, яке вивчає вплив протиракового препарату доксорубіцину на серця мишей із різним генетичним тлом.
R
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Курс
завершено
