Você pode executar o R de forma não interativa com a entrada de um arquivo interno e enviar a saída (stdout/stderr) para outro arquivo. Aqui estão alguns exemplos.
# on Linux
R CMD BATCH [options] my_script.R [outfile]
# on Microsoft Windows (adjust the path to R.exe as needed)
"C:\Program Files\R\R-2.13.1\bin\R.exe" CMD BATCH
--vanilla --slave "c:\my projects\my_script.R"
Não deixe de consultar a seção sobre E/S para obter ajuda para escrever scripts R.
Consulte Introdução ao R (Apêndice B) para obter informações sobre as opções de linha de comando.