Du kannst R nicht-interaktiv mit der Eingabe aus infile ausführen und die Ausgabe (stdout/stderr) in eine andere Datei schicken. Hier sind Beispiele.
# on Linux
R CMD BATCH [options] my_script.R [outfile]
# on Microsoft Windows (adjust the path to R.exe as needed)
"C:\Program Files\R\R-2.13.1\bin\R.exe" CMD BATCH
--vanilla --slave "c:\my projects\my_script.R"
Schau dir unbedingt den Abschnitt über I/O an, um Hilfe beim Schreiben von R-Skripten zu erhalten.
In der Einführung in R (Anhang B) findest du Informationen zu den Kommandozeilenoptionen.