Name: Вступ до Bioconductor в R
Rating: 4.785123966942149 (121 reviews)

Опис курсу

Значна частина біологічних досліджень — від медицини до біотехнологій — переходить до аналізу послідовностей. Ми тепер генеруємо таргетовані та повногеномні великі дані, які потрібно аналізувати, щоб відповідати на біологічні запитання. Щоб допомогти вам розпочати, ви познайомитеся з проєктом Bioconductor. Bioconductor — це інфраструктура для поширення програмних інструментів (пакетів), робочих процесів і наборів даних для аналізу та розуміння геномних даних. Bioconductor — чудова платформа, доступна вам, і це спільнотою розроблений відкритий ресурс. Наприкінці курсу ви зможете користуватися основними пакетами Bioconductor і зрозумієте його інфраструктуру та деякі вбудовані набори даних. Використання BSgenome, Biostrings, IRanges, GenomicRanges, TxDB, ShortRead і Rqc із реальними наборами даних різних видів буде справді корисним досвідом!

Попередні вимоги

Introduction to R Introduction to the Tidyverse

Навчальний план

Зміст курсу

Що таке Bioconductor?

У цьому розділі ви попрацюєте з Bioconductor на практиці. Bioconductor — це спеціалізоване сховище біоінформатичного ПЗ, яке розробляє та підтримує спільнота R. Ви навчитеся встановлювати та використовувати пакети Bioconductor. Ми познайомимо вас з об'єктами та функціями S4, адже більшість пакетів у Bioconductor наслідують від S4. Крім того, ви використаєте реальний геномний набір даних гриба, щоб дослідити пакет BSgenome.

Почати розділ

Biostrings і коли їх використовувати?

Biostrings — це ощадливі до пам'яті контейнери рядків. Biostrings має алгоритми зіставлення та інші утиліти для швидкої обробки великих біологічних послідовностей або їх наборів. Наскільки ефективнішими ви можете стати, використовуючи відповідні контейнери для своїх послідовностей? Ви дізнаєтеся про алфавіти та маніпулювання послідовностями на прикладі крихітного геному вірусу.

Почати розділ

IRanges і GenomicRanges

Пакети IRanges і GenomicRanges також є контейнерами для зберігання та обробки геномних інтервалів і змінних, визначених уздовж геному. Ці пакети забезпечують інфраструктуру та підтримку для багатьох інших пакетів Bioconductor завдяки своїм потужним можливостям. Ви навчитеся використовувати ці контейнери та пов'язані з ними метадані для обробки ваших послідовностей. Набір даних, з яким ви працюватимете, — це особливий ген, що становить інтерес у людському геномі.

Почати розділ

Знайомство з ShortRead

ShortRead — це пакет для зчитування, обробки та оцінювання файлів fasta і fastq. Ви можете вибирати підмножини, обрізати й фільтрувати потрібні послідовності, а також формувати звіт про якість. І ще бонус у фінальних вправах — інструменти для паралельної оцінки якості, підказка: Rqc. І що цікаво, для цього ви використаєте послідовності рослинного геному!