After doing these courses, I feel confident creating professional visualizations and dashboards
Shoebur RahmanProcurement Specialist, Giz Bangladesh
Deskripsi Kursus
RNA-Seq adalah metode sekuensing generasi berikutnya yang menarik untuk mengidentifikasi gen dan jalur yang mendasari penyakit atau kondisi tertentu. Seiring sekuensing berkapasitas tinggi menjadi semakin terjangkau dan dapat diakses oleh komunitas peneliti yang lebih luas, kemampuan untuk menganalisis data ini menjadi keterampilan yang semakin berharga. Bergabunglah untuk mempelajari alur kerja RNA-Seq dan temukan cara mengidentifikasi gen dan proses biologis yang mungkin penting bagi kondisi yang Anda teliti! Kita akan memulai kursus dengan tinjauan singkat alur kerja RNA-Seq dengan penekanan pada analisis differential expression (DE). Dimulai dari jumlah hitungan untuk setiap gen, kursus ini akan membahas cara menyiapkan data untuk analisis DE, menilai kualitas data hitungan, serta mengidentifikasi pencilan dan mendeteksi sumber variasi utama dalam data. Paket R DESeq2 akan digunakan untuk memodelkan data hitungan menggunakan model binomial negatif dan menguji gen yang diekspresikan secara berbeda. Visualisasi hasil dengan heatmap dan volcano plot akan dilakukan, dan gen yang berbeda signifikan akan diidentifikasi dan disimpan.
Prasyarat
Kurikulum
Garis besar kursus
1
Pengantar teori dan alur kerja RNA-Seq
Pada bab ini kita mengeksplorasi apa yang dapat dilakukan dengan data RNA-Seq dan mengapa hal ini menarik. Kita mempelajari berbagai langkah dan pertimbangan yang terlibat dalam alur kerja RNA-Seq.
2
Analisis data eksploratif
Pada bab ini, kita melakukan pengendalian mutu pada data hitungan RNA-Seq menggunakan heatmap dan principal component analysis. Kita mengeksplorasi kemiripan antar sampel dan menentukan apakah ada sampel yang merupakan pencilan.
3
Analisis differential expression dengan DESeq2
Pada bab ini, kita menjalankan analisis differential expression, menghasilkan hasil, dan mengidentifikasi gen yang diekspresikan secara berbeda.
4
Eksplorasi hasil differential expression
Pada bab terakhir ini kita mengeksplorasi hasil differential expression menggunakan visualisasi, seperti heatmap dan volcano plot. Kita juga meninjau langkah-langkah analisis dan merangkum alur kerja differential expression dengan DESeq2.
R
RNA-Seq dengan Bioconductor di R
Kursus
Selesai
