Na het volgen van deze cursussen voel ik me zeker genoeg om professionele visualisaties en dashboards te maken
Shoebur RahmanInkoopspecialist, Giz Bangladesh
Cursusbeschrijving
RNA-Seq is een spannende next-generation-sequencingmethode die wordt gebruikt om genen en routes te identificeren die ten grondslag liggen aan bepaalde ziekten of aandoeningen. Nu high-throughput-sequencing betaalbaarder en toegankelijker wordt voor een bredere onderzoeksgemeenschap, wordt de kennis om deze data te analyseren een steeds waardevollere vaardigheid. Doe mee en leer over de RNA-Seq-workflow en ontdek hoe je kunt bepalen welke genen en biologische processen belangrijk kunnen zijn voor jouw aandoening of onderwerp! We beginnen de cursus met een korte overzicht van de RNA-Seq-workflow, met nadruk op differentiële expressie (DE)-analyse. Beginnend met de tellingen per gen, behandelen we hoe je data voorbereidt voor DE-analyse, de kwaliteit van de tellingen beoordeelt, uitschieters identificeert en belangrijke bronnen van variatie in de data opspoort. We gebruiken het R-pakket DESeq2 om de tellingen te modelleren met een negatief-binomiaal model en te testen op differentieel geëxprimeerde genen. We visualiseren de resultaten met heatmaps en vulkaandiagrammen en identificeren en bewaren de significante differentieel geëxprimeerde genen.
Vereisten
Lesprogramma
Cursusoverzicht
1
Introductie tot RNA-Seq-theorie en -workflow
In dit hoofdstuk verkennen we wat je met RNA-Seq-data kunt doen en waarom dat zo interessant is. We leren over de verschillende stappen en aandachtspunten in een RNA-Seq-workflow.
2
Verkennende data-analyse
In dit hoofdstuk voeren we kwaliteitscontrole uit op de RNA-Seq-teldata met behulp van heatmaps en hoofcomponentenanalyse. We onderzoeken hoe sterk de monsters op elkaar lijken en bepalen of er uitschieters tussen de monsters zijn.
3
Differentiële expressie-analyse met DESeq2
In dit hoofdstuk voeren we de differentiële expressie-analyse uit, genereren we resultaten en identificeren we de differentieel geëxprimeerde genen.
4
Verkenning van resultaten van differentiële expressie
In dit laatste hoofdstuk verkennen we de resultaten van de differentiële expressie met visualisaties, zoals heatmaps en vulkaandiagrammen. We lopen ook de stappen in de analyse door en vatten de workflow voor differentiële expressie met DESeq2 samen.
R
RNA-Seq met Bioconductor in R
Cursus
voltooid
